По случаю премьеры 30 сентября в Вену из Бадена приехали Констанца и Зюсмайер. Спектакль состоялся у Э. Шиканедера в его народном театре в предместье Фрайхауса. Моцарт был у пульта и вдохновенно дирижировал оркестром. Опера «Волшебная флейта», особенно ее вторая часть, прошла с успехом. И далее, с каждой новой постановкой популярность спектакля возрастала. Констанца и Зюсмайер сразу же после премьеры «Волшебной флейты» вновь вернулись на целебные воды в Баден. В октябре Моцарт фактически был предоставлен самому себе. Даже за месяц до гибели он придерживался прежнего распорядка: так же был предельно насыщен работой каждый его час, день, а самочувствие, аппетит и сон в середине октября, судя по двум письмам к жене, казались нормальными. Он фактически примирился с ее связью с Зюсмайером, что явствует из письма к Констанцы от 14 октября 1791 года: «…делай с NN, что хочешь». Это было последнее известное исследователям письмо, написанное Моцартом за полтора месяца до кончины, в котором нет и намека на болезнь.
Осень 1791 года выдалась для Моцарта продуктивной, но тяжелой. Музыкант был в долгах, напряженно работал над многочисленными заказами, чтобы расплатиться, все чаще жаловался на недомогания, и не только в письмах кредиторам.
Последний раз в обществе Вольфганг Моцарт появился 18 ноября 1791 года. На освящении нового храма «Вновь увенчанная надежда» великий композитор дирижировал своей «лебединой песней» — небольшой кантатой «Громко возвестим нашу радость». 20 ноября он слег и больше уже не вставал с постели. Сначала у композитора опухли руки, затем ноги, затем все тело. Его мучили приступы рвоты, появились жар и сыпь. Моцарта лечили видные венские врачи — Томас Франц Клоссет и Маттиас фон Саллаба. Болезнь первоначально определили как острую просовидную лихорадку, впоследствии говорили о лихорадке ревматической, доктора не были уверены в диагнозе.
И в постели Моцарт продолжал работать над заказанным «Реквиемом», пел из него отрывки с дежурившими при нем музыкантами и женой Констанцей, давал указания ученику Францу Ксаверу Зюсмайеру на случай, если сам не успеет закончить произведение. Рядом с кроватью композитора лежали часы — по ним он мысленно следил за действием оперы «Волшебная флейта», которую давали в венском театре.
После некоторого улучшения Моцарту резко стало хуже вечером 4 декабря. Срочно вызвали Клоссета, он назначил ледяные компрессы. По словам свояченицы композитора Зофи Хайбель, бывшей при нем в последние дни, эти компрессы только усугубили состояние Моцарта, и около часа ночи 5 декабря он умер. По свидетельствам многих очевидцев, Констанца в состоянии полной невменяемости бросилась на постель умершего мужа, желая заразиться и умереть вместе с ним.
Тело раздулось и быстро разлагалось. Старший сын композитора Карл Томас впоследствии вспоминал: «Вокруг стоял смрад, вызванный внутренним разложением, который после его смерти стал еще более сильным…» Домочадцы заподозрили отравление. Версия быстро вышла за пределы семейного круга, к примеру, 12 декабря 1791 года в некрологе берлинской «Музыкальной еженедельной газете» значилось: «Он вернулся домой из Праги больным и с той поры слабел с каждым днем: полагали, что у него водянка, он умер в Вене в конце прошлой недели. Так как тело после смерти сильно распухло, предполагают даже, что он был отравлен». Тем не менее, вскрытие не проводилось. Когда это врач или патологоанатом боялись трупного смрада настолько, чтобы лишиться возможности установить истину? Все выглядит так, будто правду кто-то стремился скрыть. Моцарт умер 35 лет от роду, оставив жену с двумя маленькими детьми, скудными финансами и большими долгами. С утра в дом усопшего пришел барон Готфрид ван Свитен — известный меценат, знавший композитора более 20 лет. В биографии Моцарта, которую писал второй муж Констанцы — датский дипломат Георг Николаус Ниссен, — с ее слов рассказано, что ван Свитен уговорил убитую горем вдову пожить у знакомых и взял организацию похорон на себя. Погребение назначили на следующий день, хотя по обычаю гроб с телом должен был 48 часов стоять открытым в приходской церкви, чтобы исключить мнимую смерть — летаргический сон. Дальше история становится еще страннее.
Хоронили Моцарта по третьему, низшему разряду (за 8 гульденов 56 крейцеров плюс 3 крейцера за перевозку), «так как ван Свитен, — по словам Ниссена, — заботился о максимальной экономии для семьи». 6 декабря тело композитора перенесли в часовню собора Святого Стефана, где под звон колоколов состоялся краткий заупокойный обряд. Затем на катафалке Моцарта отвезли в предместье Вены на кладбище Святого Марка.
Композитора похоронили в могиле для простолюдинов, из тех, что перекапывались и снова использовались каждые несколько лет, без всякого надгробного знака. Странно, что богач ван Свитен не нашел средств, чтобы обеспечить почитаемому им композитору надгробие. Ссылаясь на болезнь, Констанца не присутствовала на похоронах мужа.