Среди монгольских ханов, которые в начале XVI в. разделили судьбу и славу Мухаммеда Шейбани, был клан Ногая, или мангкытов, пришедший из степей, расположенных между устьями Волги и реки Урал, где кочевала орда, носившая это имя. При династии Аштарханидов клан мангкытов имел большое влияние в Бухаре, где местные правители во второй половине XVIII в. выполняли функцию дворцовых комендантов. В царствование последнего аштарханида Абул-Гази мангкытский вождь Масум-шах женился на дочери этого властителя, сделался настоящим монархом и, в конце концов, сам сел на трон (1786–1800 гг.). Он пытался захватить земли района Мерва и Балха у афганского царя Тимур-шаха Дуррани (второй шах Афганистана из династии Дуррани (1773–1793 гг.), сын и преемник знаменитого Ахмеда Дуррани). Тем не менее, Балх был присоединен к Бухарскому ханству только в 1826 г. и окончательно отвоеван афганцами в 1841 г. Мерв остался в составе Бухарского ханства.
Мангкытская династия правила в Бухаре с 1753 по 1920 г. В 1866 г. она перешла под протекторат России. В 1920 г. Советы свергли последнего потомка Чингисхана.
Как мы знаем, узбекский завоеватель Мухаммед Шейбани в 1505–1506 гг. захватил Хорезм, или Хивинское государство и Мавераннахр. После смерти Мухаммеда Шейбани на поле битвы при Мерве (декабрь 1510 г.), когда персы оккупировали Мавераннахр и Хорезм (1511–1512 гг.), жители Ургенча и Хивы, закоренелые сунниты, восстали против шиитства и прогнали их. Предводитель одной побочной ветви шейбанидов, Илбарс, вставший во главе восстания, основал независимое ханство в Бухаре.
Эта ветвь правила в Хорезме с 1512 по 1920 г. Кроме ее основателя Илбарса (1512–1525 гг.), следует упомянуть хана Ходжи-Мухаммеда (1558–1602 гг.), в правление которого хан Абдулла II на короткое время захватывал Хорезм (1594 г. и 1596 г.). При Араб-Мухаммеде (1603–1623 гг.) был истреблен тысячный русский отряд, двигавшийся на Ургенч. В 1613 г. в Хорезм вторглись калмыки, но скоро ушли оттуда, захватив добычу. В середине царствования Араб-Мухаммеда столица была перенесена из Ургенча в Хиву в связи с высыханием левого рукава Амударьи.
Самым известным ханом Хивы был Абул-Гази Бахадур (1603–1663 гг.) Он – один из крупнейших чагатайских историков, писавший на тюркском языке, автор «Родословного древа тюрков», ценного труда об истории Чингисхана и чингисидов, в особенности дома Джучи, к которому принадлежал сам автор. Его войска отразили нападение калмыков-кошотов, затем он разгромил калмыков-торгутов (1651–1652 гг.). Он также вел войну против Бухарского хана Абдель-Азиза.
Хивинский хан Илбарс II, убив персидских послов, вызвал яростный гнев персидского царя Надир-шаха, и в октябре 1740 г. Надир-шах двинулся на Хорезм, заставил капитулировать крепость Ханках, где укрывался Илбарс, и взял Хиву (ноябрь 1740 г.). На сей раз он не был так милосерден, как в Бухаре, и велел казнить Илбарса, оскорбившего его в лице послов. С 1740 г. до самой смерти Надир-шаха (1747 г.) хивинские ханы оставались верными вассалами Ирана.
В 1873 г. хивинский хан Мухаммед Рахим-хан признал российский протекторат. В 1920 г. последний хивинский чингисид, Саид Абдулла-хан, был сброшен с трона Советами.
Фергана была частью Мавераннахра в эпоху шейбанидов и при первых аштарханидах. Но власть аштарханидов над Ферганой была чисто номинальной, т. к. Фергана большей частью оказалась в руках кыргызов-казахов, не говоря уже о местной власти в лице ходжей из Чадака, севернее Сырдарьи. В 1710 г. шейбанид по имени Шахрух, потомок Абулхайра, сбросил иго ходжей и основал в Фергане независимое Кокандское ханство со столицей в Коканде (1710–1876 гг.).
Кокандский хан Ирдана, или Эрдени в 1758 г. объявил себя вассалом Китая, потому что китайские войска подошли к его границам. Он пытался сформировать против китайцев коалицию с афганским царем Ахмедом Дуррани, но экспедиция афганцев в 1763 г. результатов не принесла.
В период между 1800 и 1809 гг. кокандский хан Алим увеличил свою территорию, присоединив к ханству Ташкент. Мухаммед Омар, брат и преемник Алима (1809–1822 гг.), аннексировал Туркестан (1814 г.). При Мухаммеде Али, сыне и преемнике Омара (1822–1840 гг.), кыргызы-казахи, жившие между городом Туркестаном и южным побережьем озера Балхаш, признали своим сюзереном кокандского хана, чье царство в те годы достигло вершины могущества. Но незадолго до 1865 г. Бухарское ханство вернуло Ташкент, хотя уже в июне того же года русские отобрали его у бухарцев.
В 1876 г. Россия аннексировала и Кокандское ханство.