Однако в течение всего своего существования Тюрко-монгольская империя была наполнена внутренними конфликтами и стояла перед лицом постоянно нарастающих противоречий.
В чем же заключались внутренние противоречия, угрожавшие всей структуре Тюрко-монгольской империи? Во-первых, существовала базисная несовместимость ряда принципов, на которых была построена империя, в первую очередь, проявлялось несоответствие между имперской системой и феодальной природой тюрко-монгольского общества. Во-вторых, не было абсолютной согласованности действий, что приводило к многочисленным конфликтам между империей и местными ханствами, равно как и между самими этими ханствами. В-третьих, при примитивных технологических условиях этого времени сама обширность империи представляла для ее правителей вечную проблему. Более того, существовал определенный дисбаланс между размерами правящей нации – монгольским народом – и подчиненными народами. Монголы, при всей изощренности ума «гения степей» Чингисхана, не учли значения глобального фактора тюркского этнолингвистического моря, в огромной евразийской толще которого их собственный этнос был лишь малозаметным периферийным течением. Среди массы покоренных тюрков собственно монголы, сплотившиеся вокруг династии Чингисидов, составляли ничтожное меньшинство. Основная масса этнических монголов, несмотря на циркумконтинентальные завоевания Чингисхана, осталась в коренной Монголии, и лишь небольшая часть их была востребована в Империи чингисидов в качестве структурообразующего элемента государства. На западе – т. е. в улусе Джучи, включавшем и территорию Волжской Булгарии, удельный вес этнических монголов был еще более незначительным, нежели в других улусах империи Чингисхана. В самый пик монгольского завоевания соотношение этнических мужских контингентов складывалось приблизительно 1: 7 не в пользу монголов, причем, в дальнейшем это соотношение становилось еще более полярным в пользу тюркского этнического элемента. Понятно также, что удельный вес собственно монгольской женской половозрастной группы приближался к нулю при одновременном исключительном обилии брачных связей монгольских воинов с женщинами других национальностей, прежде всего тюркских.
Следует обратить внимание на факт появления тюрко-монгольской элиты, члены которой, наделенные внутренними духовными и интеллектуальными способностями, удачно воспользовались контактами с древними цивилизациями некоторых из соседних или захваченных стран. Многочисленность этих контактов сама по себе содержала потенциальную опасность, поскольку подрывала изначальное единство тюрко-монгольской традиции. С точки зрения религиозной приверженности, различие между тюрко-монголами старой школы, которые оставались почитателями Неба и шаманистами, и теми, кто был обращен в буддизм, ислам и христианство, выливалось в ослабление духовных уз между всеми этими группами. Кроме того, процесс аккультурации тюрко-монголов, поселившихся в покоренных странах, никогда не завершался.
Геополитически Тюрко-монгольская империя состояла из двух отличных друг от друга частей: тюрко-монгольского ядра, т. е. степей и пустынь Монголии, Джунгарии, Семиречья (регион Или), Восточного Туркестана, Мавераннахра, Кыпчакии и Казахстана и периферийных, управляемых тюрко-монголами, государств с преобладающим сельскохозяйственным населением. Степная зона была потенциально главным резервуаром тюрко-монгольской военной мощи. Большинство правителей периферийных государств хорошо это понимали. Сам выбор Пекина как столицы династии Юань в Китае и Сарая как столицы Кыпчакского ханства в этой ситуации показателен. Каждый из этих городов находился на границе периферийного государства и вблизи степной зоны. Лишь ильханы Ирана проводили несколько иную политику. Если бы они последовали примеру своих сородичей в Китае и Южной Руси, для них было бы логичным держать свои штабы где-нибудь в северном Хорасане, если не в Туркмении. Вместо этого они сделали Тебриз в Южном Азербайджане своей первой столицей. Этот выбор, видимо, был продиктован их желанием усилить свой контроль над Ираном и Малой Азией, чтобы иметь подходящую базу для длительной борьбы против Египта. Позднее, под давлением ханов Кыпчакии, ильханы перенесли свою столицу на юг, в Султанию, в гористый район между Тебризом и Тегераном.
Вследствие центрального положения тюрко-монгольской сердцевины империи и ее контроля за внутренними линиями коммуникации, стабильность империи зависела в значительной степени от собственной интеграции этой зоны. Фактически центрально-азиатский регион стал полигоном монгольской феодальной политики, которая имела разрушительный эффект для имперского единства. Поскольку внутренняя тюрко-монгольская степная зона рассматривалась как общая родина монгольской нации, каждая ветвь императорской семьи требовала своей доли улусов и владений на этой территории.