После трехмесячной осады город был взят штурмом, и царство Хорезм вошло в состав Мавераннахра. Часть жителей Ургенча уничтожили, как не пожелавших подчиниться по второму требованию и как участников бунта против власти Великого эмира во время его отсутствия.
Темур впервые применил жесткий метод устрашения, которым впоследствии пользовался в непокорных странах. На этот счет был даже издан декрет. Когда его войска подходили к крепости, осажденным делали первое предложение о сдаче. В случае согласия им, как правило, оставляли жизнь, но требовали большой выкуп и клятвы о безусловном повиновении. Когда гарнизон и жители отвергали первый ультиматум, Темур приказывал подрывникам взорвать слабо укрепленные места обороны, чтобы обеспечить продвижение армии.
Однако прежде чем начать штурм, осажденным посылали последнее предупреждение. Немедленная сдача давала возможность жителям избежать истребления, а городу – разрушения. В любом случае наказание было суровым: уничтожение гарнизона, разграбление домов, разрушение крепостных стен и взятие заложников. Отказ принять последний ультиматум означал немедленный тотальный штурм, который всегда приводил к взятию города. Не было крепости, которая могла бы устоять перед Великим эмиром. Тогда участь осажденных была ужасной: полное разграбление, насилие, истребление почти всех жителей, обращение оставшихся в рабство и уничтожение жилищ огнем. Против бунтовщиков Темур применял самые жестокие меры: в назидание другим у разрушенного дотла города возводили пирамиды из отрубленных человеческих голов.
Используя такие исключительные меры, Великий эмир хотел поддерживать порядок, «свой порядок», и тем самым обеспечивать повиновение жителей покоренных районов, так как он не располагал достаточными силами, чтобы оккупировать и контролировать все земли своей империи, которая с каждым днем разрасталась, и все сложнее было ею управлять.
Впрочем, необходимо внести некоторые уточнения в то, что говорилось выше о жестокости завоевателя. Темур всегда пытался договориться с противником, прежде чем начать необратимый процесс применения силы.
Он уважал неприкосновенность послов и зачастую первым посылал своих. Он проявлял большое терпение, естественно не без хитрости и коварства.
Но любопытно то, что Великий эмир систематически практиковал политику, одновременно «проинтеллектуальную» и антимилитаристскую. Во время истребления людей, после взятия мятежного города, он почти всегда приказывал казнить солдат и офицеров, но сохранял жизни потомкам Пророка, толкователям закона, писателям, поэтам, музыкантам, художникам, хорошим мастерам и ремесленникам. Самых лучших отправлял в Самарканд, дабы они способствовали культурному расцвету и украшению его столицы. Там им предоставляли жилища и денежные ссуды.
Среди пленников, избежавших смерти, было большое число красивых девушек, которых брали в жены и наложницы для улучшения облика жителей Самарканда. Аннексия Хорезма завершила формирование Мавераннахра.
Именно тогда появился герб Темура с тремя кольцами: одно вверху – два внизу, и девиз на персидском языке: «Сила в справедливости». Три круга, очевидно, символизировали три части света, над которыми он собирался властвовать, но это также и монгольский магический знак, суливший удачу. На всех официальных бумагах стояло его имя Темурленг (буквально – «Железный господин»).
На монетах писали «Темур Гураган», когда надпись была на персидском языке, и «Темур Кореген» – на тюркском. «Гураган» – означает «зять чингисидов».
Однако в этот же период, когда Темур вел многомасштабные военные действия за формирование и укрепление Мавераннахра, ему приходилось вести непримиримую борьбу с заговорщиками, бунтовщиками, предателями.
В 1372–1373 гг., когда Темур вернулся из похода на монгольские земли, он столкнулся с бунтом ряда эмиров из северной и южной частей улуса. Во главе снова были Зинда Хашан Аларди, Муса Тайчиут и Кандзада Абул-Маали из Термеза. Они собирались пленить и убить Темура, но заговор был раскрыт. Темур обошелся с ними мягко и даже простил Мусу, на сей раз потому, что дочь Темура была помолвлена с внучатым племянником Мусы. Зинда Хашан был сослан в Самарканд, где и умер. Его земли были отданы Байану Найману.
В ходе хорезмского похода Темура в 1373 г. Кайхусро Куттулан предал Темура и пытался вступить в союз с правителями Хорезма. Темур отдал Кайхусро людям Хусейна, и те казнили его в отместку за убийство Хусейна. Потом он передал тумен Куттулана другой ветви семьи Куттулана – Мухаммаду Мирке, сыну Шера Бахрама. Темур не часто так скоро и так сурово карал за измену. Кайхусро был его верным союзником с 1367 г., когда Темур нашел убежище в Моголистане, спасаясь от Хусейна. Благодаря союзу с Темуром, Кайхусро вернулся в улус и взял власть над своим племенем. И эти обстоятельства особенно усугубили его вину в глазах Темура.