Казнь Кайхусро имела свои последствия: его сын Султан Махмуд бежал к Юсуфу Суфи в Хорезм с двумя ясаурскими эмирами. По их наущению Юсуф Суфи совершил набег на область Кят. В ответ Темур совершил новый поход на Хорезм в 1375 г. и быстро добился извинений Юсуфа. В 1375–1376 гг. Темур раскрыл еще один заговор племенных эмиров. Возвращаясь из похода против тюрко-монголов, он остановился в Ходженте, где его принял сын Бахрама Джалаира, Адилшах, в то время правитель джалаиров. Там Темур и узнал о готовящемся заговоре джалаиров.
Но в то время Темур еще не был готов бросить вызов племени джалаиров, он тогда счел нужным укрепить свою власть над Сельдусами. Темур вовремя замечал начинающуюся смуту и своевременно ее пресекал. Весной, перед новым походом на Хорезм, он отдал шейха Мухаммада Сельдуса под суд. Затем передал власть над этой частью племени Сельдусов своему соратнику Актемиру: это было единственное племя в улусе, над которым Темур поставил чужого, «не племенного», правителя. В то же время он казнил двух сыновей Баязеда Джалаира-Али Дарвиша и Мухаммада Дарвиша. Историки между тем не упоминают случая бунта со стороны этих двух эмиров. Поскольку они были детьми бывшего правителя и потенциальными соперниками Адилшаха, их казнь, по-видимому, была средством купить верность Адилшаха.
Попытка Темура призвать к порядку вождей племен методом «кнута и пряника» не увенчалась успехом. Племенные эмиры продолжали выказывать неповиновение, особенно правители джалаиров, к которым Темур всегда относился благосклонно. В это время Темур послал войско на Моголистан под командой Адилшаха и Сырыбуги Джалаира, а сам отправился в очередной поход на Хорезм. Оба похода были неудачными из-за предательств эмиров.
Вскоре Темур узнал о более серьезном бунте Адилшаха и Сырыбуги Джалаира. После выступления Темура в поход они сговорились с правителем Андижана и вместе со своими людьми, джалаирами и кыпчаками, осадили Самарканд. Темур поспешил обратно, и мятежники бежали в Моголистан.
Большая часть джалаирских воинов осталась, и Темур разделил их между своими эмирами, а сына Умаршайха поставил править в Андижане.
Однако эмиры джалаиров не теряли интереса к улусу Чагатая. В 1376–1378 гг. Камар ад-Дин с помощью Адилшаха и Сырыбуги пошел на Андижан и атаковал Умаршайха, которого бросили отдельные люди из его окружения, и Темуру пришлось выручать его. Вскоре Темур узнал, что Адилшах Джалаир находится в горах на севере улуса. Он послал туда двух эмиров, и те, скорее всего, схватили его и убили. Спустя два года Сырыбуга вернулся к Темуру, и ему снова отдали власть над джалаирским племенем. С этого времени он оставался преданным Великому эмиру.
Джалаиры были самыми сильными и упорными противниками Темура. После их усмирения у него были редкие столкновения с племенными вождями улуса. Он подавил сопротивление почти всех племен: апардов Шабуркана, арлатов, эмиров Куттулана, Сельдусов, ясауров и джалаиров. Он успешно вел с ними дела и по мере необходимости менял правителей племен. Теперь во главе самых влиятельных племен улуса – джалаиров, Сельдусов и апардов Шабуркана – стояли личные его соратники. После двенадцати лет правления Темур подчинил себе весь улус.
В поисках внешних союзников племенные вожди и соперники за власть в улусе не ограничивались внутренними силами улуса. Правители, окружавшие улус – в Хорезме, Хорасане и Моголистане, – всегда были готовы оказать помощь и укрыть мятежников из улуса, и их роль часто бывала решающей в исходе борьбы.