Что касается самостоятельных трудов Мори, то после получения адвокатского звания в 1846 году он погружается в изучение медицины, древнееврейского языка, нидерландского языка, геологии, а затем этнографии. Пишет журнальные статьи, которые позже составят его книгу «Верования и легенды Древности», составляет для «Современной энциклопедии» (которой руководит Ренье) около ста статей по истории религий. Он становится членом Французского географического общества и членом-корреспондентом Лейденского научного общества. С 1845 года сотрудничает с журналом «Медико-психологические анналы»; впоследствии из этих статей вырастет его книга «Сон и сновидения» (1861), которая окажет влияние на Фрейда, Бергсона и Марселя Пруста. Из трудов Мори по исторической географии назовем книги «Исторические и географические разыскания о великих лесах Галлии и древней Франции» (1848), «Леса Франции в древности и в Средние века» (1856). Особо следует отметить книгу «Земля и человек» (первое издание – 1854; книга многократно переиздавалась). Во-первых, это пример междисциплинарного исследования: отношения между землей и человеком рассматриваются здесь в свете данных геологии, географии и этнографии. Во-вторых же, первое издание этой книги было выпущено издательством «Ашетт» в качестве вступительного тома к циклу «Всеобщая история», составителем и главным редактором которого был Виктор Дюрюи. Таким образом, личные отношения между Мори и Дюрюи завязались в первой половине 1850‐х годов.
Наконец, в 1857–1859 годах выходит трехтомный труд Мори «История религий Древней Греции». Это исследование он посвятил Жозефу-Даниэлю Гиньо. Книга, еще не будучи опубликована до конца, послужила главным формальным основанием для принятия ее автора в члены Академии надписей и изящной словесности.
В первый раз Мори выдвинул свою кандидатуру на выборах в Академию надписей в конце 1856 года, когда вакантными были два академических кресла. Он тогда совершил отказ в пользу своих друзей Эрнеста Ренана и Леона Ренье: оба были избраны (см. об этом ниже), и это обеспечило Мори два твердых голоса на последующих выборах. Мори избрали академиком в ноябре 1857 года, 18 голосами против 16: его конкурентом был Леопольд Делиль, молодой талантливый медиевист, блестящий выпускник Школы хартий. Победа Мори над Делилем была, помимо всего прочего, победой личных связей над посвятительной силой образовательных учреждений. В 1858 году Альфреда Мори включают в состав только что учрежденной Наполеоном III комиссии по созданию географической карты Галлии: понятно, что деятельность этой комиссии была прямо связана с приготовлениями императора к написанию истории Юлия Цезаря. Гиньо тогда же попытался сделать Мори своим заместителем по преподаванию географии в Сорбонне, но министр образования отказался поддержать ходатайство Гиньо, поскольку Мори не имел университетских дипломов, а также и потому, что Институт считался оплотом оппозиции по отношению к императорскому режиму.