В 1657 году Шах Джахан серьезно заболел, пошли даже слухи, что он умер. В это печальное время между четырьмя его сыновьями разгорелась жестокая борьба за престол. Старший сын Дара Шукох (1615-1658 гг.) был фаворитом отца и официальным наследником. Артистичный интеллектуал, он был известен своим свободомыслием и веротерпимостью. По мнению многих современников он должен был стать продолжателем либеральной политики Акбара. Однако Дара Шукоху пришлось соперничать со своим младшим братом Аурангзебом, опытным военачальником, командовавшим могольской армией в Декане. Хладнокровный и расчетливый, Аурангзеб вполне проявил себя в войнах на юге. Предприняв ряд интриг, он победил самоуверенного и самодовольного Дара Шукоха, после чего перенес внимание на других конкурентов — своих братьев Шах Шуджа, правителя Бенгалии, и младшего Мурада. Презрев кровные связи, Аурангзеб казнил Дара Шукоха и Мурада, а Шах Шуджа вынудил покинуть Индию. Даже пожилой отец не избежал его подозрений. Шах Джахан в конце концов оправился от болезни, но только для того, чтобы оказаться заключенным в собственном дворце в Агре. Оставшиеся восемь лет жизни он размышлял над превратностями судьбы в Красном форте и каждый вечер с тоской глядел через бойницу на реку Джамна и мавзолей Тадж-Махал.
Придя к власти, Аурангзеб проявил себя коварным и безжалостным правителем, и его имя до сих пор остается символом двуличия. Однако по меркам того времени его действия были не более жестокими, чем деяния предшественников: Шах Джахан, например, чтобы обезопасить трон, казнил всех ближайших родственников-мужчин. Аурангзеб, который был опытным военачальником и политиком, управлял Индией больше сорока восьми лет (1658 -1707 гг.) — почти столько же, сколько его великий предшественник Акбар. Как и Акбару, ему удалось существенно расширить доставшуюся империю, и к моменту его смерти владения Моголов простирались до южной оконечности субконтинента.
Суровый и неумолимый, Аурангзеб властвовал над Индией вплоть до окончания семнадцатого века, жестко держа бразды правления страной до самой смерти в возрасте восьмидесяти восьми лет. У него не было такой харизмы, как у Шах Джахана или Акбара, но он был твердым и способным правителем. Окружающим он внушал благоговейный трепет и даже ужас: рассказывают, что его старший сын дрожал от страха каждый раз, когда получал от него письмо. Что отличало Аурангзеба от предшественников, так это отношение к религии, которое и в сегодняшней Индии делает его имя весьма непопулярным.
Строгий ортодокс, Аурангзеб считал себя идеальным мусульманским правителем, главный долг которого — утверждение превосходства ислама. С самого начала он проводил выраженную антииндуистскую политику. В 1664 году он запретил восстанавливать разрушенные индуистские храмы, а с 1669 года запретил строительство новых. Позже эта политика еще более ужесточилась. В 1679 году, несмотря на резкие протесты, он снова ввел ненавистную джизью — подушный налог, которым облагались все немусульмане. Были введены новые таможенные пошлины, причем для индусов они были в два раза выше, чем для мусульман. Это сопровождалось все более частыми случаями разрушения индуистских храмов и по возможности заменой их мечетями. Так, в Бенаресе Аурангзеб приказал снести индуистский храм и на его месте выстроить мечеть, чьи минареты и сегодня возвышаются над священным для индусов городом, подобно тому как в силуэте Дели выделяется Кутб Минар. Неудивительно, что эти меры вызывали негодование большинства индусов и вели к подрыву авторитета власти Моголов. Акбар создал империю, пронизанную духом справедливости и интеграции, и много сделал для того, чтобы привить эти принципы всем государственным чиновникам. Прямо противоположная политика Аурангзеба вела к тому, что многие сообщества, составлявшие империю, все сильнее отдалялись от власти и все острее ощущали, что император не защищает их интересы. Результатом этого стал ряд восстаний против власти Моголов.