Сын Аурангзеба Бахадур (годы правления 1707-1712) по существу был последним настоящим Великим Моголом. После его смерти империя начала распадаться по мере того, как власть в Дели теряла контроль над районами страны. Сам шах временно преуспел, заделывая «трещины» в государстве, возникшие в конце правления его отца. Он положил конец долгой войне в Раджастхане, заключив мир с раджпутами, и жестоко подавил восстание сикхов. Ему также удалось нейтрализовать маратхов. Коварными уловками он разжег среди них гражданскую войну, и на протяжении большей части его правления маратхи были вынуждены сражаться друг против друга. Взойдя на трон в возрасте 63 лет, Бахадур прожил недостаточно долго для того, чтобы обеспечить выживание империи. После его смерти начались войны между наследниками, что наносило неизбежный урон авторитету Моголов. Титул «Великий Могол» стал пешкой в игре придворных фракций, бледным отблеском того величия, которым он когда-то обладал. Кульминацией упадка явилась участь императора Фаррух-сайара, которого выволокли из гарема, ослепили и отравили собственные придворные. Сильная власть и личные качества правителя всегда были одним из краеугольных камней Могольской империи, одним из подтверждений этого служат созданные ими величественные постройки по всей Индии. В течение XVIII века в Дели сменилось четырнадцать правителей, но ни один из них не обладал той энергией (и не правил достаточно долго), чтобы оставить после себя хотя бы одно достойное упоминания здание.
Недостаток власти в центре сопровождался ослаблением контроля над удаленными землями. Сановники, ранее управлявшие провинциями от имени императора, стали создавать собственные династии. Моголы приложили немало усилий, чтобы разделить полномочия субадаров и диванов, а теперь все чаще полномочия обоих совмещал один человек. Возникали новые княжества. В Бихаре образовалось княжество Ауд со столицей в Лакхнау, процветающем городе, славившемся своими шелками, духами и ювелирными изделиями. Хайдарабад тоже стал столицей нового государства, которому было суждено пережить Могольскую империю; его основатель Низам-ул-Мульк (годы правления 1724-1748), ранее был главным министром императора. Убедившись в тщетности попыток реорганизовать управление империей, Низам-ул-Мульк удалился в Декан, где объявил Хайдарабад столицей, а себя — независимым правителем южной половины империи. Другой придворный императора Муршид Кули-хан (годы правления 1703— 1727), создал новое государство в Бенгалии, где основал столицу, назвав ее своим именем — Муршидабад. Все больше солдат, государственных чиновников, интеллектуалов, артистов и ремесленников покидали Дели и направлялись в эти новые столицы. По мере того как Дели терял свое влияние, Хайдарабад, Лакхнау и Муршидабад становились все более значительными центрами могольской культуры.
Процесс распада империи ускорило и восстание маратхов в 1720-1730-х годах. Они уже не ограничивались обороной, совершая военные походы в глубь Центральной Индии. Армия Моголов была совершенно беспомощна и не могла оказать сопротивления, и к 1738 году маратхи достигли пригородов Дели. Все попытки отбросить их провалились, и в том же году Моголы были вынуждены уступить княжество Малва в Центральной Индии. Таким образом, северные территории империи оказались отделены от южных, фактически страна была разделена пополам.
Еще сильнее слабость империи проявилась в 1739 году при сдаче Дели. В 1738 году, когда все силы империи были брошены на защиту от маратхов, правитель Персии Надир Шах вторгся в Индию. Легко разбив высланные ему навстречу могольские войска, Надир-шах достиг столицы империи. Город Дели был захвачен, а его жители стали жертвами массовой резни, длившейся шесть часов. Считается, что в этой оргии насилия погибли почти 30 тысяч человек. «Улицы были завалены трупами, как сад — опавшими листьями. Город был разрушен до основания и выглядел как выжженная равнина».