Военные силы англичан были рассеяны по всей Северной Индии, и какое-то время ситуация казалась безнадежной. Тем не менее армии в Мадрасе и Бомбее оставались верными англичанам, как и главные княжества — Хайдарабад, Барода и Индор. Раджастхан также поддержал англичан, как Пенджаб, где сикхи предложили свою помощь в борьбе с 36-тысячной армией восставших сипаев, которые были ими разоружены и отпущены восвояси. В целом восстание затронуло не более одной трети субконтинента. Сами повстанцы были разобщены, их действия, временами лишенные руководства, бывали непоследовательными. Все это дало англичанам время, нужное, чтобы собраться с силами.
В сентябре 1857 года англичане вернули себе город Дели, который пал после тяжелой осады. Войдя в город, английские солдаты буквально впали в исступление. Как писала газета «Таймс», со времен Надир Шаха город не видел таких сцен насилия, грабежей и убийств. Поэт Галиб (1797— 1869 гг.) горестно писал: «Передо мной простирается океан крови, один только Бог знает, что еще мне предстоит узреть... Тысячи моих друзей мертвы... возможно, не осталось никого, кто бы уронил слезу после моей смерти... Мое перо отказывается писать».
В конце концов Канпур и Лакхнау также были взяты. Оба города, ставшие свидетелями сцен насилия, были превращены в груды камней. По некоторым рассказам, индусов заставляли есть говядину, а мусульман зашивали в свиные шкуры. К весне 1858 года хребет восстания был сломлен. В Центральной Индии повстанцам тоже пришлось отступить. Хотя рани отважно удерживала Джанси, взятый в кольцо осады, англичанам все же удалось прорваться внутрь. В результате жесточайших уличных рукопашных боев, в ходе которых погибло не меньше пяти тысяч человек, город пал. Сама Лакшми Бай, которая в мужской одежде сражалась во главе своих войск, «держа меч двумя руками и зажав поводья лошади в зубах», вскоре также погибла. К концу 1858 года восстание было полностью подавлено.
Восстание потрясло англичан и заставило радикально изменить свою политику в Индии. Ближайшим следствием стала передача власти от Ост-Индской компании британской короне. Это означало, что отныне Индия управлялась непосредственно британским правительством и что полномочия кабинета были переданы министру по делам Индии. Этот министр вместе со своим представителем в Индии должен был нести ответственность за ситуацию в стране. Англичане также признали, что тревога и беспокойство среди населения были вызваны их политикой и что эти чувства были главной причиной восстания. Поэтому они приостановили реформы и оставили попытки модернизировать индийское общество. Новая политика была направлена на поддержание «статус-кво» без какого-либо вмешательства в обычаи и религии Индии, а также в управление независимыми княжествами.
Лояльность многих независимых княжеств оказалась одной из важнейших причин провала восстания. Как писали сами англичане, «они были волноломами в бушующем море и не дали смыть нас огромной волне». Поэтому в интересах Британии было устранить все сомнения, которые могли возникнуть у правителей этих княжеств в отношении английской политики и обеспечить себе их поддержку. Правительство заключало новые договоры, гарантировавшие права раджей, и обещало, что никакого вмешательства в управление княжествами больше не будет. Также гарантировалась неприкосновенность границ; в результате в Индии осталось 542 княжества самых разных размеров. Главными из них были Траванкор, Хайдарабад, Майсур, Барода, Кашмир и Гвалиор. Вместе с остальными они просуществовали как полунезависимые самоуправляющиеся административные единицы до 1948 года; в течение долгих лет 38,5% территории индийского субконтинента управляли местные раджи — или, как называли их на Западе, махараджи. Яркие, колоритные, часто обладавшие огромными богатствами, эти вассальные правители в глазах англичан были своего рода олицетворением власти и славы Британской империи. Дальнейшему укреплению авторитета Англии послужило объявление в 1877 году королевы Виктории императрицей Индии. Это сильно изменило статус генерал-губернатора, который из обычного гражданского чиновника превратился в вице-короля, представлявшего императорскую власть.