Со временем отношения де Бовеля и его старого учителя Лефевра д’Этапля, богословские искания которого сделали из него сторонника церковной Реформации, стали все более и более отчужденными. Де Бовель предпочел не участвовать в борьбе по вероисповедным вопросам, развернувшейся после выступления Лютера, хотя в своем творчестве не остался незатронутым новыми религиозными интересами; он занимался преподаванием, исполнял обязанности каноника кафедрального собора, вел активную переписку с близкими ему монахами-мистиками из ордена целестинцев Иоанном Лефранком, Иннокентием Гюрно и Петром де Сюром, а также с францисканцами из лионского монастыря св. Бонавентуры Иоанном Лабеном и Иоанном де ла Грен, с которыми познакомился еще в 1510 г. В период с 1515 по 1533 гг. он продолжал, как и прежде, много писать и публиковать. Тематика его сочинений существенно расширилась. В 1521 г. он напечатал работу по философии истории, разделив жизнь человечества на семь эпох и выделив характерные черты каждой из них (Aetatum mundi septem supputatio). Сборник 1523 г. составили пять трактатов, один из них посвящен проблемам психологии и физиологии (Liber cordis) и интересен тем, что продолжал уподобление человека в качестве микрокосма миру в качестве макрокосма, в частности сердца как солнца организма – Солнцу как сердцу вселенной; другой – проблемам гносеологии (Liber propriae rationis), в нем подчеркивалась роль глаза, живого зеркала духа человеческого, в качестве начала и цели, источника и конца всего мира явлений; третий – логике и онтологии (De substantialis propositionibus) так же, как и четвертый (Liber naturalium sophismatum); пятый – математике (Liber cubicarum mensularum).
Ряд публикаций религиозных сочинений, созданных под сильным влиянием мистического богословия Псевдо-Дионисия Ареопагита, был открыт в 1526 г. «Книгой божественной тьмы» (Divinae caliginis liber), которая повествовала о способности человека силой созерцания достичь единства с Богом. Через пять лет вышли в свет еще две подборки трудов: одна – на темы библейской экзегетики и христианской нравственности (De laude Hierusalem liber unus; de laude gentium liber unus; de concertatione et area peccati liber; de septem vitiis liber; liber de remediis vitiorum humanorum et eorum consistentia); другая открывалась «Книжицей о восхищении божественного Павла» (De raptu divi Pauli libellus), заставляющей вспомнить работу на сходную тему Марсилио Фичино (1476 г.) и комментарии к посланиям апостола Павла Джона Колета (1496 г.), Лефевра д’Этапля (1512 г.) и некоторых мыслителей эпохи; вместе с ней в этом издании было помещено также письмо к Иннокентию Гюрно и «Книга о пророческом видении» (De prophetica visione liber).
Список религиозных сочинений этого времени можно было бы пополнить трактатом 1529 г. «Об обете, свободе воли и о разнообразии молитв» (De voto, libero arbitrio ac de differentia orationis), который, однако, несмотря на свое название, в большей мере касался проблем психологии. В 1533 г. де Бовель опубликовал выдержанные в традициях позднесредневекового церковного благочестия четыре книги размышлений о страстях Господних (Agonologiae Jesu Christi libri quatuor).
Особое место в творческом наследии де Бовеля занимают труды по филологии. Первый из их числа, представляющий собой собрание французских пословиц и поговорок с латинскими пояснениями к ним (Proverbium vulgarium libri tres), к составлению которого де Бовель был побужден, без сомнения, примером и в течение десятилетий не убывающим успехом Эразмовых «Адагий» (1 изд. – 1500), вышел в свет в 1531 г. И тогда же он опубликовал в одной книге три исследования по сравнительной лингвистике и истории французского языка (Liber de differentia linguarum et gallici sermonis varietate; quae voces apud Gallos sint factitiae et arbitrariae vel barbarae, quae item ab origine latina manarint; de hallucinatione gallicanorum nominum). Впрочем, единственным языком, достойным употребления в серьезных трудах, де Бовель, вопреки настойчиво заявляющим о себе требованиям времени, считал латынь. Это не помешало ему издать по-французски, впервые в 1514 г., трактат, или своего рода учебник, по практическому применению геометрических правил (L’art et science de geometrie avec les figures sur chacune regle); в переработанном виде и с новым названием трактат вышел из печати на том же языке в 1542 г. (Livre singulier et utile touchant l’art et pratique de geometrie), а затем в 1547 и 1551 гг.
Печатью герметической традиции, воспринятой де Бовелем еще в молодые годы под руководством Лефевра д’Этапля, отмечены последние его произведения: изданные в 1551 г. диалоги «О воскресении» (De resurrectione), участниками которых выведены фарисей, саддукей и философ, и диалоги между Невежеством и Мудростью «О разрушении и восстановлении мира» (De mundi excidio et instauratione), вышедшие год спустя. Соединенные в одну книгу две публикации были напечатаны в том же 1552 г. под заглавием «Три диалога о бессмертии души» (Dialogi tres de animae immortalitate).