В 1941 году Глушков с отличием окончил среднюю школу № 1 в г. Шахты. Он намеревался заняться теоретической физикой, увлечение которой выросло из задачи расчета электромагнитной пушки. Однако в день выпускного вечера (тогда это называли «выпускным балом») началась война. В. М. Глушков: «Война нарушила и мои планы. Вместо Московского университета, куда я собирался поступать на физический факультет вместе с четырьмя школьными товарищами, я подал заявление в артучилище. Однако меня не взяли, и военкомат выдал справку, что я негоден к службе в армии, но могу привлекаться к физическому труду. Я поступил в Ростовский университет. Уже 29 сентября первокурсников мобилизовали на рытье окопов на Таганрогском направлении, а студентов старших курсов эвакуировали в Ташкент».
Город Шахты оказался на самой линии фронта, и в 1942 году был захвачен немцами. Виктор с матерью, депутатом горсовета, пытались убежать, но им не удалось: «Переправа была все время занята, а на второй день на том берегу, куда мы хотели попасть, показались немецкие танки. Мы возвратились в Шахты и укрылись у знакомых на окраине города, уже занятого немцами. Жили в подвале. Было начало августа. Время от времени приходилось ходить на старую квартиру за вещами, которые мы обменивали на продукты. 13 октября мать пошла одна и не вернулась. Я пытался искать ее в пересыльных лагерях, обошел шесть-семь лагерей под Ростовом и Новочеркасском. Прячась в развалинах, наблюдал как перегоняли из лагеря в лагерь арестованных и пленных, надеясь, что увижу мать, но все безрезультатно. Судьба ее выяснилась после войны. Она была депутатом Шахтинского горсовета. Ее выдала управдом, немка по происхождению. Маму, по-видимому, расстреляли на шахте имени Красина, где проходили массовые казни. За несколько месяцев, что фашисты находились в Шахтах, они расстреляли более трех с половиной тысяч человек».
Именно к этому времени относится его «подпольное» существование, описанное в начале очерка.После окончательного освобождения Ростовской области в 1948 году В. М. Глушков закончил Новочеркасский индустриальный институт и одновременно математический факультет Ростовского университета. В учебе еще со школы общению с учителями он предпочитал самостоятельную подготовку, потому ему удавалось сдавать экзамены и там, и там. На последнем курсе он женился на Валентине Михайловне Папковой. Ее отец был репрессирован в 1937 году, мать умерла на следующий день после ареста, во время войны она оказалась в оккупированном немцами Таганроге. Тогда на этот факт биографии смотрели косо, что доставило неприятности и самому Глушкову. Его сокурсник В. Г. Ушаков вспоминает: «За отличные успехи в учебе и общественной работе его (как и меня) представили к Сталинской стипендии, но наши кандидатуры отклонили, так как перед поступлением в институт мы оба прожили несколько месяцев на оккупированной территории».
Виктор и Валентина Глушковы, конец 1940-х годов