Правовые основания для возбуждения судебных дел, относящихся к первой категории, приводятся в пункте 2 статьи 12 Федерального закона «О свободе совести и о религиозных объединениях». Так, в соответствии с указанным положением Федерального закона граждане и религиозные организации вправе обжаловать в суд отказ регистрирующего органа в государственной регистрации религиозной организации, а также его уклонение от такой регистрации. Поскольку государственная перерегистрация религиозных организаций предполагает приведение их устава и иных учредительных документов в соответствие с требованиями Федерального закона «О свободе совести и о религиозных объединениях», то отказ в перерегистрации и, следовательно, уклонение регистрирующего органа от таковой, также могут быть обжалованы в суд в порядке пункта 2 статьи 12 указанного Федерального закона. К уклонению от государственной регистрации (перерегистрации) религиозной организации относится, прежде всего, нарушение регистрирующим органом установленного Федеральным законом срока рассмотрения заявления о государственной регистрации. Как уклонение от государственной регистрации следует рассматривать и необоснованное назначение в отношении религиозной организации государственной религиоведческой экспертизы. Следует отметить, что в соответствии с пунктом 8 статьи 11 Федерального закона «О свободе совести и о религиозных объединениях» заявление о государственной регистрации религиозной организации, создаваемой централизованной религиозной организацией или на основании подтверждения, выданного централизованной религиозной организацией, рассматривается в месячный срок со дня представления всех предусмотренных настоящей статьей документов. И только в иных случаях регистрирующий орган вправе продлить указанный срок рассмотрения документов до шести месяцев для проведения государственной религиоведческой экспертизы. Необоснованным уклонением от государственной регистрации следует также рассматривать решение регистрирующего органа о приостановлении процесса государственной регистрации (перерегистрации) религиозной организации, так как подобная процедура не предусмотрена законом.
К судебной защите нарушенного права на свободу совести и свободу вероисповедания граждане и объединения граждан могут также прибегнуть в порядке, предусмотренном Законом РФ «Об обжаловании в суд действий и решений, нарушающих права и свободы граждан».
К делам, возникающим по инициативе религиозных организаций и граждан, следует также отнести судебные дела о защите чести, достоинства и деловой репутации. В соответствии с частью 1 статьи 152 Гражданского кодекса РФ гражданин вправе требовать по суду опровержения порочащих его честь, достоинство и деловую репутацию сведений, если распространивший такие сведения не докажет, что они соответствуют действительности. Согласно части 7 этой же статьи правила о защите деловой репутации граждан соответственно применяются к защите деловой репутации юридического лица.
В последнее время в средствах массовой информации все чаще стали появляться публикации о деятельности религиозных организаций, содержащие сведения, оскорбляющие чувства верующих и в отношении которых применяются термины – «сектанты», «секта», «зомбирование адептов», «гипноз», «миссионерская деятельность» и т. д.
В судебной практике часто возникает вопрос: являются ли порочащими честь, достоинство и деловую репутацию слова «секта» и «сектанты», употребляемые в отношении религиозных организаций и их участников? Ответ на этот вопрос в своем решении № 4(138) от 12 февраля 1998 г. дает Судебная палата по информационным спорам при Президенте Российской Федерации: «в законодательстве Российской Федерации не существует такого понятия, как «секта». В то же время, данный термин в силу сложившихся в обществе представлений несет, безусловно, негативную смысловую нагрузку и, употребляя его, журналисты могут оскорбить чувства верующих».
Однако дел, возникающих в связи с обжалованием религиозными организациями и гражданами действий органов юстиции, других государственных органов и органов местного самоуправления, а также по искам религиозных организаций и верующих граждан о защите чести, достоинства и деловой репутации, рассматривается судами в целом не много. Отсутствие большого количества подобных дел ни в коей мере не свидетельствует об отсутствии нарушений прав верующих. Одна из причин этому – недостаточная осведомленность субъектов таких правоотношений о возможности судебной защиты своих нарушенных прав.