Предпринимались на курсах и попытки ведения научной работы. Заведующий курсами И.В.Лебедев сам периодически проводил антропометрические измерения учеников и публиковал в отчетах данные о состоянии здоровья и количественные характеристики занимающихся. Эти зачатки научной работы в конечном итоге способствовали изданию первого в России учебника по тяжелой атлетике, автором которого был первый «профессор атлетики» Санкт-Петербургского университета И.В.Лебедев.
В 1905 г. И.В.Лебедев начинает издавать «Иллюстрированный журнал атлетики и спорта», на страницах которого освещалась и деятельность руководимых им курсов. Весной 1905 г., не сдавая выпускных экзаменов, И.В.Лебедев покинул Университет, и через некоторое время курсы перестали существовать. На этом закончился первый этап истории становления физической культуры и спорта в Университете.
До 1917 г. студенты самостоятельно занимались отдельными видами спорта. Так, например, 18 сентября 1908 г. состоялось организационное собрание университетского футбол-клуба. Были созданы четыре команды, которые приступили к тренировкам на Каменно-островском велодроме (ныне на этом месте расположен наземный павильон станции метро «Петроградская»). Председателем клуба был избран студент Е.Б.Будзинский. В будущем году клуб планировал принять участие в различных студенческих состязаниях за переходящие кубки. Членский взнос устанавливался в размере одного рубля. Есть отрывочные сведения, что на этом же велодроме тренировалась команда велосипедистов Университета.
В 1908 г. состоялись IV Олимпийские игры в Лондоне. Среди восьми русских участников Олимпиады было два универсанта. Один из них студент-юрист Григорий Демин (борьба, легкий вес). В журнале «Геркулес» (№ 6 за 1913 г.) в статье «Олимпиада в Лондоне и русские борцы» есть фраза: «Всего борцов было записано около 100 человек, но участвовало приблизительно: в легком весе – 25 борцов, среднем – 20, в легкотяжелом – 20 и в тяжелом – 8 борцов. Демин и Замотин могли по весу попасть в легчайшие группы, но не были записаны своевременно, а потому боролись с тяжелейшими противниками»). Другой участник Олимпийских игр 1908 г. – выпускник физико-математического факультета Николай Александрович Панин-Коломенкин (фигурное катание), ставший первым российским олимпийским чемпионом.
В 1910 г. была организована Санкт-Петербургская студенческая спортивная лига. Лига провозгласила своими задачами поощрение спорта в высших учебных заведениях «путем организации традиционных междустуденческих состязаний, регистрацию студенческих рекордов и охрану любительства в студенческом спорте». В состав комитета Студенческой спортивной лиги вошел и студент Университета Е.Б.Будзинский. В состав Лиги в 1911 г. вошла футбольная лига, товарищем (т. е. заместителем) председателя которой избран универсант Маркович. В 1912, 1914, 1915 гг. команда футболистов Университета побеждала в соревнованиях студенческой футбольной лиги. В 1912 г. на V Олимпийских играх в Стокгольме выпускник Университета H.A. Панин-Коломенкин занял 4-е место в командной стрельбе из пистолета. В составе команды России были еще несколько универсантов: Михаил Николаевич Сумароков-Эльстон (теннис); Александр Владимирович Северов (борьба); Е.Петров (легкая атлетика); Алексей Иванович Уверский (футбол); Петр Петрович Соколов (футбол).
Второй этап развития физической культуры и спорта в Университете начинается в 20-х гг. XX в. В 1924 г. в Университете открылся студенческий клуб. В клубе действовали секции, среди которых физкультурная была самой многочисленной. В ней занималось около 300 человек, разделенных на девять групп по видам спорта: конькобежная, легкоатлетическая, фехтование и др. В это же время было создано университетское отделение общества «Спартак», насчитывавшее к 1925 г. уже более 200 членов. Вероятнее всего – спортивная секция и отделение «Спартака» были одной и той же структурой. Непосредственным же толчком к возникновению вузовского физического воспитания послужило выступление М.И.Калинина в 1926 г. на Всероссийском ректорском совещании, где он говорил: «Наши вузы должны следить, чтобы параллельно учебе шло физическое укрепление учащихся». И с этого же года начинают вводиться занятия по физической культуре в высших и средних учебных заведениях. В 1927-1928 гг. физическое воспитание включается в обязательные учебные планы педагогических и медицинских вузов. Ленинградский университет в октябре 1928 г. включил в учебный план физическую культуру как обязательный курс для всех факультетов, предусмотрев в нем теоретическую и практическую части. Но из-за отсутствия средств в текущем году физическая культура была предметом факультативным. В то же время была развернута работа по созданию межфакультетского кабинета физической культуры при военном кабинете.