Конечно, называть онтологически ошибочным и конструктивно неудачным космический корабль, который предоставил Человечеству возможность прикоснуться к Луне, не принято. Но как иначе назвать конструкцию, надежность которой по официальным заявлениям не превышает 99 %? И в Командном, и в Лунном модуле «Аполлона» защита от радиации фактически отсутствует, а резервирование по жизнеобеспечению минимально. Двигатель Лунного модуля и система управления им ненадежны. Программа полета предусматривает обязательную перестыковку Лунного модуля после выхода на траекторию полета к Луне, поскольку запас прочности Лунного модуля не позволяет ему находиться в рабочем положении во время вывода корабля на орбиту.
Практически все эти проблемы — инженерно-онтологические: при принятых политических решениях корабль создавался на пределе, резервы веса, места, времени для отработки альтернативных вариантов практически отсутствовали.
Ситуация усугубилась тем, что в спешке был принят ряд необоснованных чисто-конструкторских решений. Крайне неудачным выбором была кислородная атмосфера корабля, что привело к гибели (на Земле) «Аполлона-1» и его экипажа: Вирджила Гриссома, Эдварда Уайта и Роджера Чаффи.
На кораблях серии «Аполлон» использовалась атмосфера, состоящая из чистого кислорода при пониженном давлении. Её предпочли близкой к воздуху по составу кислородно-азотной газовой смеси, так как чистый кислород давал выигрыш по массе: из-за пониженного давления герметичная конструкция корабля становилась существенно легче, из-за простого состава среды упрощалась и облегчалась система жизнеобеспечения. Кроме того, упрощался и убыстрялся выход в открытый космос. Во время полёта в вакууме рабочее давление в кабине составляло примерно 0,3 атм. Однако во время тренировок на земле и при подготовке к старту использовать пониженное давление внутри кабины было нельзя, так как корабль был рассчитан на избыточное давление изнутри, а не снаружи. Фактически, во время тренировки 27 января давление кислорода внутри корабля было даже выше атмосферного.
Первоначально для тренировок и на старте предлагалось использовать кислородно-азотную смесь, но НАСА отклонило это предложение. Мотивировалось это тем, что для осуществления такого решения потребуется дополнительное оборудование и, кроме того, кабина может быть случайно заполнена азотом, что создаст опасность для астронавтов. У НАСА имелся большой опыт работы с кислородной атмосферой (она использовалась на кораблях «Меркурий» и «Джемини»), поэтому специалисты считали такое решение безопасным. Однако расследование, проведенное после катастрофы, показало, что некоторые материалы (в частности, застёжки-липучки), вполне безопасные в обычном воздухе или в кислородной атмосфере при пониженном давлении, становятся крайне пожароопасными при большом давлении кислорода.