В конце нулевых и начале двухтысячных годов стали считать, что большое количество бюджетных вузов обременительно для экономики, и в управленческих структурах страны рождаются предложения по сокращению количества вузов. В правительстве РФ и г. Красноярска был принят вариант создания Сибирского федерального университета в составе КГУ, КГТУ, КГАСА, ГУЦМиЗ, при этом за базовый принимался КГУ как имеющий самые высокие баллы по всем показателям вузовской деятельности.
К 2006 году КГТУ имел следующие основные показатели: студентов — свыше 20 000, профессоров — 206, факультетов — 15, филиалов КГТУ — 8, институтов — 3, представительств — 8, кафедр — 69, филиалов кафедр — 48, международных центров — 4, центров по сертификации — 5.
Вуз вел обучение студентов по 62 специальностям, аспирантов — по 56, работали 5 докторских советов и кандидатских 3. В КГТУ имелись 5 учебных корпусов и 7 общежитий.
Однако представители правительственных органов РФ и Красноярского края в качестве базового звена избрали Красноярский государственный университет, на должность ректора был рекомендован Е. А. Ваганов, доктор биологических наук, профессор, академик РАН. Начиная с 2006 года, КГТУ прекратил самостоятельную деятельность и перешел в статус Политехнического института СФУ.
С. А. Подлесный продолжил работу в качестве проректора по учебной работе СФУ, затем — проректора по магистратуре и территориальной образовательной сети, а с 2011 г. — советника ректора СФУ.
Приоритеты в учебной работе
Зырянов Игорь Александрович
Первое знакомство с Сергеем Антоновичем произошло в 1983 году, так как студенты радиотехнического и машиностроительного факультетов проживали в общежитии № 5 и между ними происходили различные инциденты. На тот момент он был деканом радиотехнического факультета, а я секретарем партийного бюро машиностроительного факультета. Вместе мы тогда занимались воспитательной работой достаточно продолжительное время.
Еще больше мы стали общаться после его назначения проректором по учебной работе, я тогда работал заместителем декана механико-технологического факультета. В 1987 году он очень помог нам открыть в институте университетскую специальность «Динамика и прочность машин», прием на которую впервые был осуществлен в 1988 году.
С 1990 года он стал первым проректором, но продолжал курировать учебную работу как основную для высшего учебного заведения. Для высшей школы наступили непростые времена. Высшее образование постоянно реформировалось, проводились различные аттестации на государственном и местном уровнях. В 1992 году такая аттестация была успешно пройдена, но у Сергея Антоновича она заняла много времени и сил для ее подготовки. Зато в 1993 году Красноярский политехнический институт достаточно легко перешел в новый статус и стал Красноярским государственным техническим университетом. С 3 по 6 февраля 1993 года авторитетная комиссия экспертов секции технических университетов Евразийской ассоциации университетов во главе с ректором Томского политехнического университета, доктором технических наук, профессором Юрием Петровичем Похолковым посетила наш вуз, ознакомилась с его работой и дала положительное заключение.