В 1984 году он был избран деканом радиотехнического факультета, а в 1985 году назначен проректором по учебной работе, в 1990 году переведен в статус первого проректора КГТУ. При исполнении должностных обязанностей Сергея Антоновича отличала высокая требовательность прежде всего к самому себе, сочетающаяся с не менее высоким профессионализмом. Он перенимал все лучшее, что было в работе его предшественников, В. Н. Борисова и А. М. Ставера, и использовал в практической деятельности по управлению образовательным процессом.
На первых порах перестройки был принят новый закон об образовании, согласно которому был допущен более демократичный подход к реализации учебных планов и графиков учебного процесса. Согласно Болонскому соглашению вузы стали переходить на трехуровневую систему подготовки кадров, прием на первый курс в вузы стал производиться на основе Единого государственного экзамена (ЕГЭ). Ректор КГТУ А. М. Ставер и его ближайший помощник первый проректор С. А. Подлесный в эти годы работали с огромным напряжением. Анатолий Михайлович до конца своих дней был убежден — высшая школа останется незыблемой, будет стоять всегда, как скала, будет только совершенствоваться и прирастать.
В те годы во всех коллективах проводились партийно-хозяйственные активы с участием оппозиционеров, стало модным критиковать действие партийных и советских органов. После одного из таких собраний в райкоме КПСС Октябрьского района Василий Николаевич Борисов сказал мне: «Не верю, что эти молодые крикуны смогут толково управлять производством и экономикой страны». Во многом он оказался прав.
В 1996 году 12 января на 59-м году жизни скончался ректор КГТУ А. М. Ставер. Исполнение обязанностей ректора было возложено на первого проректора С. А. Подлесного. Это было логично, так как все вопросы по организации учебного процесса, в том числе его кадрового сопровождения, находились в его ведении. И вот в сложившейся обстановке в КГТУ в апреле 1996 года были назначены выборы нового ректора университета. Это стало знаковым событием не только для КГТУ, но и для всей вузовской и научной общественности, имеющей связи с КГТУ, в том числе и за рубежом.
Опытные сотрудники из числа членов профессорско-преподавательского состава, длительное время работающие с Сергеем Антоновичем, отдавали предпочтение ему как кандидату на должность ректора КГТУ. Было сомнение, хватит ли у него смелости взвалить такую ношу на свои плечи и насколько крепко его здоровье для такой напряженной работы. Следует отметить, что на момент выборов для руководства вузом требовался кандидат с опытом работы в условиях перестройки. Он принял решение участвовать в выборах, и был избран ректором КГТУ подавляющим большинством голосов участников конференции. Это решение было одобрено Коллегией Минобрнауки России, и он был утвержден в должности ректора в мае 1996 года.
Самым важным качеством Сергея Антоновича была способность воспринимать действительность в реальных границах, делать правильные выводы и принимать обоснованные решения. Кроме этого, С. А. Подлесный обладал колоссальным трудолюбием, что позволяло ему быть компетентным по всем вопросам в сфере образования.
Мне пришлось много раз участвовать в работе комиссий Минвуза, затем Минобрнауки по аттестации работы вузов, и там, где во главе коллектива стояли грамотные руководители, как правило, вуз работал успешно.
Сергей Антонович оправдал надежды избравшего его коллектива, стал достойным продолжателем дела В. Н. Борисова и А. М. Ставера. Под его руководством КГТУ стал позиционироваться как многофункциональный вуз, открыты 22 новые специальности, 9 докторских и кандидатских диссертационных советов, 3 научно-исследовательских института, 5 конструкторских бюро, создано уникальное электронное предприятие, позволившее вести профессиональную подготовку специалистов и научные исследования. КГТУ активно сотрудничал с НИИ Сибирского отделения Академии наук, специальным конструкторским бюро «Наука», рядом промышленных предприятий, банковскими структурами.
В университете была разработана и реализовывалась комплексная программа развития КГТУ до 2010 года. Система менеджмента качества университета в 2003 году получила сертификат соответствия требованиям ГОСТ Р ИСО 9001–2001 Госстандарта РФ.
В это время университет приобрел более 100 международных партнеров — из Швеции, Чехии, Китая, Монголии, США, Германии, Франции и других стран, был создан Региональный центр научно-технического сотрудничества с Европой, финансируемый комиссией Евросоюза, работали Информационно-аналитический центр международных проектов и бюро студенческих международных контактов.