Метод работы Манеса, как всегда, был длителен и необычайно тщателен. Эрбен писал: «
Может быть, не все одинаково равноценно в работе художника. Различна и степень законченности иллюстраций. Однако всегда мастер старается их тесно слить с текстом, строго продумывая композицию каждого листа. Иногда иллюстрации решаются как обрамление текста, иногда соединяются с орнаментальными украшениями. Сам Манес так пишет о методе своей работы: «
Среди всех этих работ самыми живыми, непосредственными и сильными воспринимаются первоначальные эскизы. Рисуя пером по предварительному наброску, сделанному тушью, Манес подчеркивает большие тени, противопоставляя им яркие освещенные места. Эскизы иллюстраций к героическим поэмам «Забой и Славой», «Забой на скале», «Забой в долине», «Забой и Славой в бою с Людеком», «Забой и Славой на поле битвы» решены необычайно живо, полны динамики и яркой выразительности.
Высится скала из чернолесья,
На скалу выходит сильный Забой,
Все края кругом он озирает…
От краев тех дух в нем замутился…
поется в песне, и ее эпическое звучание подхватывается в рисунках, от которых веет могучей силой подвига этого народного сказителя. Персонажи Манеса - мужественные и отважные витязи, подлинные герои древнечешских преданий. Если иллюстрации к поэмам «Краледворской рукописи» исполнены героического пафоса и мужественной силы, то иллюстрации к народным песням той же рукописи решены в более лирическом плане. Особенно удавшимися следует считать эскизы иллюстраций к песням «Горсть цветов», «Сирота», «Жаворонок».
Помимо иллюстраций к «Краледворской рукописи» и народным песням, Манес в 50-х годах создает карикатуры и литографии бытового характера, рисунки на веерах, в письмах и т. д. Он полон творческих замыслов, мечтает о работе над монументальными полотнами, однако в условиях того времени их было почти невозможно осуществить и художник вынужден был много работать над заказными композициями («Утро», «Вечер», 1857) и портретами.
К 50-60-м годам относятся наиболее яркие работы мастера в области портретного жанра. Его портретные рисунки этого времени приобретают характер классической ясности и законченности. Штриховая моделировка, ложащаяся по форме, пластически лепит объем. Тщательность отделки рисунков отнюдь не лишает их непосредственности и первоначальной свежести. Таковы отличные портреты К. Гайловой (1855) и Каролины и Франтишки О'Хегертовых (1856), головка девочки (около 1861) и многие другие.