В конце 1920-х годов в результате общего для всей страны отхода трудящихся от религии и церкви пустеет и Исаакиевский собор. Церковная «двадцатка», в ведении которой находился собор, не предпринимала никаких мер к тому, чтобы поддерживать здание в порядке и выполнять необходимые ремонтные работы. Управление уполномоченного Наркомпроса в Ленинграде, под наблюдением которого здание собора находилось с 1925 года, неоднократно отмечало его неудовлетворительное состояние: протечки, отсутствие вентиляции и отопления. Мозаичные и живописные произведения покрывались плесенью и разрушались, мраморная облицовка осыпалась. Бесхозяйственность, преступное отношение к памятнику архитектуры и искусства были недопустимы.
По просьбе трудящихся и ходатайству Наркомпроса в июне 1928 года Президиум ВЦИК СССР вынес решение о ликвидации религиозной общины в Исаакиевском соборе в городе Ленинграде и о предоставлении собора в исключительное пользование Главнауки в качестве музейного памятника.
Через три года в здании собора был открыт Государственный антирелигиозный музей. Так началась новая жизнь собора, превратившегося в один из крупнейших музеев страны.
Основная цель вновь созданного музея в первый период его деятельности заключалась в борьбе с религиозными пережитками в сознании людей и распространении основ научно-материалистического мировоззрения.
«…Массам необходимо дать самый разнообразный материал по атеистической пропаганде, знакомить их с фактами из самых различных областей жизни, подойти к ним и так и эдак для того, чтобы их заинтересовать, пробудить их от религиозного сна, встряхнуть их с самых различных сторон, самыми различными способами…», - писал В. И. Ленин.
Именно эту задачу и решал музей «Исаакиевский собор» на первом этапе своей деятельности. В экспозиции были широко представлены материалы из истории атеистического движения и антинародной, антисоветской деятельности духовенства, а также документы, разоблачавшие классовую сущность религии и всех видов и форм религиозных организаций в СССР.
Первая экспозиция с незначительными изменениями и дополнениями просуществовала до 1937 года.
На состоявшейся в марте 1937 года сессии Ленинградского музейного совета, посвященной Государственному антирелигиозному музею, было принято решение об изменении его профиля. С этого времени он стал носить историко-художественный характер. Изменение профиля музея было определено тем, что в начале 1932 года постановлением Президиума ВЦИК СССР в ведение Академии наук был передан Казанский собор для организации в нем Музея истории религии и атеизма.
Коллектив музея успешно решал задачу, поставленную В. И. Лениным перед организациями и учреждениями культуры, перед партией и народом. «Нужно взять всю науку, технику, все знания, искусство, - говорил Владимир Ильич. - Без этого мы жизнь коммунистического общества построить не можем». В соответствии с новым направлением музея начинается перестройка его экспозиции, которая была прервана Великой Отечественной войной 1941 - 1945 годов.
РЕСТАВРАЦИЯ
В начале Великой Отечественной войны музей был закрыт для посетителей, а в его здании разместилось центральное хранилище объединенного хозяйства музеев и дворцов. Сюда из пригородных музеев привезли скульптуру, мебель, фарфор, архивы и научную документацию. Были приняты меры для защиты собора от снарядов и бомб. Окна замуровали кирпичом.
Спустя несколько дней после объявления войны было решено замаскировать купол. Первоначально предполагали покрыть его брезентом. Но найти брезент площадью 2,5 тысячи квадратных метров и затем укрепить его было нелегким делом. Оставался единственный выход - закрасить купол серой масляной краской.
В условиях блокады Ленинграда здание не отапливалось, и зимой стены промерзали, а с наступлением лета оттаивали, и по ним текли потоки воды. Вскоре образовалась плесень.
В результате нарушения режима температуры и влажности декоративное убранство стало разрушаться. От сырости пострадала мраморная облицовка. На ее загрязненной поверхности появились трещины, куски камня выпадали, а обнаженные места интенсивно разрушались. Гипсовый орнамент во многих местах был испорчен, исчезла позолота. Мозаики покрылись налетом плесени, местами стала выпадать смальта. В наиболее поврежденном состоянии оказалась живопись. Потрескавшийся красочный слой шелушился и отваливался от полотна. От стен отставала штукатурка вместе с живописью, появилась реальная опасность ее утраты. От вражеских снарядов и фугасных бомб пострадало остекление собора, в нескольких местах была пробита кровля и разрушена западная часть антаблемента южного портика.
После окончания войны, весной 1946 года, ящики с экспонатами пригородных музеев из здания собора были вывезены. В Ленинграде и его пригородах начались работы по восстановлению и реставрации памятников архитектуры, пострадавших во время войны. На эти цели Советское правительство отпустило большие средства.