Филипп решил завоевать Англию с моря. Его толкала вперед гордыня, но не только. Он хотел унизить Англию, приняв на себя защиту католической религии и нападая на Елизавету (та в январе 1559 года сменила на троне Марию Тюдор, свою сестру по отцу и жену Филиппа), которая помогала шотландским протестантам, вступила в союз с протестантами голландскими и после Варфоломеевской ночи великодушно предлагала убежище в своем государстве протестантам французским. Как он сам говорил, ему нужно было «умилостивить Бога и возвратить в лоно церкви множество печальных душ, угнетенных еретиками, врагами католической религии, которые поработили их». Ну и конечно же камнем преткновения был Новый Свет. Точнее, поступавшие оттуда богатства, подвергавшиеся в море большой опасности.
По сути, Непобедимая армада, составленная из огромных кораблей-крепостей, набитых солдатами и самым цветом испанской кавалерии, представляла собой настоящий крестовый поход.
Одно вооружение Армады стоило Филиппу II более 36 миллионов пиастров (по другим данным, более 60 миллионов). Вся Армада состояла из 130 кораблей, на которых находились примерно 20 000 солдат, от 8000 до 8500 матросов, 2088 невольников-гребцов, около 1200 офицеров-дворян и врачей, а также 2430 пушек (по некоторым данным, 2680 пушек). С Армадой ехал даже сам Великий инквизитор и 150 доминиканских монахов. Сверх того при флоте имелось 20 мелких военных кораблей и 10 почтовых гребных судов. Различного продовольствия было заготовлено на шесть месяцев. Плюс в трюмы загрузили 14 000 бочек вина, 500 000 зарядов пороха и 124 000 ядер.
28 мая 1588 года Армада снялась с якоря в Лиссабоне. Ей предназначено было двинуться к берегам Нидерландов, где другое войско из 30 000 человек пехоты и 4000 человек кавалерии должно было, под ее прикрытием и под командованием герцога Пармского, высадиться на берега Англии. Для этого все реки и каналы Нидерландов уже были покрыты шлюпками. Объединенные католические силы должны были высадиться в графстве Эссекс и двинуться на Лондон. При этом Филипп II рассчитывал на то, что английские католики оставят свою королеву-протестантку и перейдут на его сторону.
Главнокомандующим Армады был назначен дон Альваро де Базан, маркиз де Санта-Крус, по праву считавшийся лучшим адмиралом Испании, однако он умер во время приготовлений к этой экспедиции, и его место занял дон Алонсо Перес де Гусман, герцог де Медина-Сидония, один из знатнейших грандов Кастилии. А вот этот человек никогда не был моряком, но он оказался во главе флота «по старшинству», то есть по степени знатности и по близости к королю.
Новый главнокомандующий разделил Армаду на шесть эскадр: «Португалия» (12 кораблей под командованием самого герцога де Медина-Сидония), «Кастилия» (16 кораблей под командованием Диего Флореса де Вальдеса), «Бискайя» (14 кораблей под командованием Хуана Мартинеса де Рекальдо), «Гипускоа» (13 кораблей под командованием Мигеля де Окендо), «Андалусия» (10 кораблей под командованием Педро де Вальдеса) и «Левант» (9 кораблей под командованием Мартина де Бертендона). Кроме того, в состав Армады вошли 4 неаполитанских галеаса (больших галеры), 4 португальских галеры и множество легких судов для разведки, посыльной службы и перевозки припасов.
К этому флоту должна была еще присоединиться «плоскодонная флотилия» герцога Пармского (18 военных кораблей с огромным количеством боевых зарядов), но ее заблокировала английская эскадра под командованием адмирала Джона Хоукинса.
Армада снялась с якоря 28 мая, и через три дня она уже была в открытом море. Но затем на флот налетела буря, и почти все корабли, за исключением четырех, были повреждены до такой степени, что не могли продолжать движение. В результате они зашли в испанский порт Ла-Корунья. Там целый месяц прошел в починке судов, и обеспокоенный валом болезней среди моряков герцог де Медина-Сидония написал королю, что сомневается в успехе всего предприятия. Но Филипп II настоял на том, чтобы он твердо придерживался выработанного плана.
В конечном итоге Непобедимая армада встретилась с английским флотом не раньше 30 июля. Он поджидал ее у юго-западного побережья Англии.
У сторон было примерно одинаковое количество кораблей (английский флот состоял из 34 военных кораблей, плюс город Лондон выставил 33, а частные лица – 18 кораблей, плюс еще было 34 наемных корабля и 53 береговых судна), но они сильно отличались по конструкции. Испанский флот состоял из высокобортных судов, напоминавших плавучие крепости. Корабли англичан были ниже, но маневреннее. Кроме того, они были оснащены бо́льшим количеством дальнобойных пушек. Соответственно англичане, которыми командовал лорд-адмирал Чарльз Ховард, рассчитывали на то, что не будут близко подходить к противнику и уничтожат его на расстоянии. Отметим, что британские лорды не имели большого опыта в морском деле, но зато помощниками у них были известные всей Европе мореплаватели: Дрейк, Хоукинс и Фробишер, из них Фрэнсис Дрейк был первым заместителем главнокомандующего.