В составе королевского «кабинета» можно было отметить также Фернандо, третьего герцога Альбу, имевшего хорошие связи в Италии (его дядя многие годы был вице-королем Неаполя, а дочь вышла замуж за Козимо де Медичи, первого великого герцога Тосканы).
Также выделялись кардинал Диего де Эспиноса и сменивший его Матео Васкес.
Филипп II был жесток и недоверчив. Он никого не удостоивал своей полной доверенности, и никто, даже при самых очевидных доказательствах, не был уверен в его привязанности <…> При всем своем властолюбии он был нерешителен и своенравен. До крайности мелочный во всех своих поступках, даже в деле правления, и подозрительный от природы, он любил окружать себя людьми, различными по нраву, по образу воззрения на предметы, честолюбивыми и постоянно враждующими между собой.
В начале правления Филиппа II в Испанском королевстве насчитывалось одиннадцать советов, из которых старейшим и важнейшим был Королевский и верховный совет Кастилии. У этого совета имелись глава и шестнадцать членов, а в его ведении находились все вопросы внутренней политики. В годы правления Филиппа II этот совет заседал по несколько дней в неделю, но король посещал заседания только по пятницам.
Почти столь же важным для управления страной был Государственный совет (Consejo de Estado), созданный в 1526 году и отвечавший за международные дела и за сеть посольств. На протяжении многих лет секретарем этого совета был Франсиско де лос Кобос. Его преемниками стали поочередно Гонсало Перес и сын последнего Антонио. Заседания этого совета король посещал регулярно.
Также у Филиппа II работал Совет сословий и Совет казначейства. Первый контролировал бо́льшую часть экономики, а второй – ведал средствами, которые выделялись короне кортесами и шли от сбора налогов, пошлин, арендной платы за имущество короны и от сокровищ, вывезенных из Вест-Индии.
Совет инквизиции занимал следующую по важности ступень бюрократической иерархии Испании. Он служил наглядным напоминанием о том, что испанская монархия опиралась на религию и нуждалась в религиозной стабильности. Этот совет избирал Великого инквизитора, но на практике король обычно выдвигал свою кандидатуру, которую затем одобрял римский папа.
Были еще советы по управлению различными областями, Военный совет, Совет Крестовых походов и многие другие.
Тип правления через разнообразные советы был внедрен еще католическими монархами Изабеллой и Фердинандом, а в XVI веке большинство членов этих советов составляли так называемые letrados, то есть образованные представители среднего класса (выпускники университетов Саламанки и Вальядолида), а вовсе не потомственные дворяне со звучными титулами. «Летрадос» (образованные) имели большие привилегии, и этот их статус был для талантливых людей отличным трамплином для быстрой карьеры. По сути, это была административная элита страны – профессиональная и очень эффективная.
Конец Непобедимой Армады
Филипп II, будучи в сравнении с Карлом V более испанцем, принял относительно Нидерландов ряд таких мер, вследствие которых следовало ожидать или порабощения, или восстания всех нидерландских областей. Филипп задумал ввести во Фландрии политическую и религиозную администрацию Испании. Его намерением было учредить там инквизицию с тем, чтобы покровительствовать католическому вероисповеданию, угрожаемому лютеранством со стороны Германии и кальвинизмом со стороны Франции, и это встретило в Нидерландах сильную оппозицию, которая потом переросла во всеобщее восстание.
С 1585 года испанцам пришлось бросить основные силы на подавление восстания в Нидерландах. Однако англичане оказали мятежникам поддержку как людьми, так и деньгами. В 1585 и 1586 годах из Англии выдворялись испанские послы. В это же время британские корабли начали грабить на море испанские суда, перевозившие золото из Америки. Особенно в этом деле отличились корсары Фрэнсис Дрейк, Джон Хоукинс и Мартин Фробишер.
В результате, в июле 1588 года Филипп II Габсбург собрал мощный флот, состоявший из более чем 150 кораблей и вошедший в историю под названием «Непобедимая армада» (Armada Invencible), и двинулся через Ла-Манш к берегам Нидерландов.