Король Филипп пришел в ярость, узнав о побеге Переса и о роли в этом его жены, и приказал немедленно арестовать Хуану и ее детей. Они пробыли в заключении до конца жизни самого Филиппа. Было также приказано вернуть Переса в Кастилию. Последний укрылся в монастыре Св. Петра. В изгнании Переса сопровождал его преданный друг Гиль де Меса, один из участников убийства Эскобедо. Понимая, что монастырь — ненадежное укрытие от гнева короля, де Меса поспешил в Сарагосу, чтобы призвать знать защитить своего друга. Так как в тот период в Арагоне были сильны сепаратистские настроения, эти призывы не остались без ответа. Многие знатные люди собрались на съезд арагонского дворянства и решили перевести Переса в сарагосскую тюрьму под защиту арагонской юрисдикции, ради его же безопасности. Заключенные там люди подлежали не прямой судебной власти короля, а власти высшего суда Арагона, согласно одной из традиционных арагонских привилегий.
Филипп II, осторожный, как обычно, понимал, что, находясь в Арагоне, Перес, знающий много королевских секретов, может ускользнуть от него. Очевидно, поэтому он решился прибегнуть к помощи инквизиции. Филипп не привык использовать это учреждение в чисто политических целях, иначе сделал бы это много раньше. Король послал в Арагон графа Альменару, которому было поручено урегулировать разногласия между государем и собранием местной знати, а также найти на Переса компрометирующий материал, который мог бы заинтересовать инквизицию. Альменара подкупил одного старого слугу Переса, и тот показал, что хозяин говорил, что если Бог не совершит чуда, чтобы спасти его, Переса, то он перестанет верить в Бога. Антонио также якобы утверждал, что если Бог Отец станет ему препятствовать, то он, Антонио, отрежет ему нос. Инквизиторы признали Переса виновным в кощунстве и богохульстве и послали в тюрьму альгвасилов для его передачи инквизиции. Однако начальник тюрьмы отказался выполнить их требования без разрешения Высшего арагонского совета. Инквизиторам пришлось отступиться; они направили начальнику тюрьмы послание, в котором угрожали ему отлучением от церкви и штрафом в тысячу дукатов за неповиновение.
Начальник тюрьмы переслал это послание главному судье, и тот, не желая конфликта со Святой палатой, приказал проводить Переса в тюрьму инквизиции. Последний успел предупредить об этом своих арагонских друзей. В Арагоне инквизицию очень не жаловали, а изъятие арестованного из их тюрьмы сочли оскорблением их старинных обычаев. Друзьям Переса удалось спровоцировать беспорядки. Толпа мятежников направилась к дому Альменары, в котором, как в королевском посланце, видели корень зла. Альменара, правда, был спасен от напавшей на него толпы, но через две недели он скончался от ран. Между тем другая толпа мятежников устремилась в старый мавританский замок, где находилась тюрьма инквизиции. Они угрожали поджечь здание, и сделали бы это, если бы Перес не был освобожден и водворен на прежнее место.
Однако сам Перес не был спокоен. Он понимал, что арагонцы не смогут противостоять королевскому войску, которое будет послано для их усмирения. Он решил готовить побег, раздобыл напильник и стал подпиливать решетки в своей камере; однако Переса выдал Хуан Бестанте, которому тот доверился. Снова должностные лица инквизиции с вооруженным отрядом явились в тюрьму, чтобы забрать Антонио. Но в это время в тюрьму ворвалась толпа вооруженных мятежников, отбила Переса и увезла его. Антонио снова отправился в Сарагосу, а затем попытался пересечь границу, но она хорошо охранялась. Ему пришлось некоторое время скрываться в доме одного из друзей.