Король Филипп послал в Арагон армию под командованием Альфонса де Варгаса, чтобы покарать мятежников. Он решил воспользоваться этим делом, чтобы пресечь не только сопротивление инквизиции, но и приверженность арагонцев к сепаратистским традициям и вольностям. Что до самого Переса, то он, видимо, родился в рубашке. Ему предоставила убежище в Наварре принцесса Катрин, сестра французского короля. Она отказалась его выдать, а Филипп, не хотевший осложнений с Наваррой, не стал применять силу. Перес написал два очерка о собственной жизни, вызвавшие гнев короля, и делалось немало попыток заманить Антонио в Испанию, но он не возвращался, понимая, что его ожидает. Из Наварры он отправился в Англию, где был очень хорошо принят противницей Филиппа Елизаветой II, потом уехал в Париж и уцелел после нескольких покушений на его жизнь. К этому времени умер король Филипп, а его сын Филипп III разрешил Пересу вернуться домой; однако тот считал, что инквизиция никогда не простит его. Все же в 1611 г. главе францисканцев епископу Канарскому удалось убедить Переса, что он может сам явиться в Испании в инквизицию и после чисто формального разбирательства будет освобожден. Устав от бродячей жизни и желая увидеться с женой и детьми, Перес согласился и написал епископу, что вернется, когда получит охранную грамоту. Перес направил через жену петицию в Высший совет, но, так как инквизиция, как обычно, занималась волокитой, Перес умер, так и не получив охранной грамоты. Он провел в изгнании около двадцати лет. История Антонио Переса имела немалое значение и для жителей Арагона. Мятеж был подавлен.
29 апреля 1592 г. состоялось аутодафе в отношении многих из зачинщиков беспорядков. Немалое число людей приговорили к каторге на галерах или изгнанию из Арагона. Шесть человек были оправданы. Филипп некогда дал клятву соблюдать конституцию Арагона и не стал ее нарушать крыто. Но в арагонские города были введены королевские гарнизоны, власть инквизиции укрепилась и расширилась, и арагонцы поняли, что сопротивляться воле короля было бы безрассудно.
Известен и еще один случай использования Филиппом II инквизиции в политических целях — в деле Иоанны Наваррской, когда он велел инквизиции подготовить против нее обвинение (что было нетрудно, так как она являлась ревностной гугеноткой). Он также — приказал захватить ее и отправить в Сарагосу в трибунал инквизиции. В случае исполнения этого плана Иоанна была бы сожжена, а дело это в целом принесло бы — большую пользу Филиппу в его борьбе за Наварру.
Менее ясен вопрос о роли инквизиции в деле королевского сына дона Карлоса, смерть которого загадочна. Если он пал жертвой собственного отца, то весьма возможно, Филипп II дал указание Великому инквизитору подготовить обвинение против сына. Он, конечно, искал бы подходящих оснований для устранения сына, который стал для отца невыносимым, а по мнению испанских католиков, заслуживал смертной казни более, чем еретики. Неуправляемый, психически неуравновешенный дон Карлос всегда был в тягость не только отцу, но и всем окружающим. Филипп, при его чувстве долга, видимо, страдал при мысли, что придется передать корону такому человеку. Однажды Карлос чуть не убил кардинала Эспинозу за то, что тот выслал из Мадрида любимого актера принца. Говорят, он воскликнул: «Какой-то попик осмеливается мне перечить!» Карлос очень желал стать правителем Нидерландов и выдвигал планы замирения этой страны, из которых инквизиция могла сделать вывод, что, если этот человек унаследует трон, покоя в стране не будет. Ненависть Карлоса к отцу достигла таких пределов, что принц уже не мог скрывать ее. Особенно подогрело эту ненависть то обстоятельство, что Филипп женился на Елизавете Французской, дочери Генриха и Екатерины Медичи, а Елизавета некогда была обещана самому Карлосу. Но кульминации конфликт достиг, когда глупый юноша стал вынашивать планы отцеубийства и сознался в этом своему духовнику.
Филипп не мог допустить, чтобы этот сумасшедший унаследовал трон. Дон Карлос был арестован, а Филипп объявил, что причина того — не дурное поведение принца в отношении отца, что она коренится в его, Филиппа, обязанностях по отношении) к Богу и народу. Это — косвенное свидетельство того, что дона Карлоса, возможно, должны были обвинить в ереси. Кроме того, известно, что папа Пий V, прочтя письмо короля Филиппа, заметил, что будущее христианской Испании на долгие годы зависит от доброго здоровья Филиппа и от такого преемника, который пошел бы по стопам этого короля. Те, кто поддерживают версию обвинения Карлоса в ереси, утверждают, что в этом случае, конечно, процесс был бы тайным, а принца приговорили бы к смертной казни. Конечно, наследник престола не мог стать объектом аутодафе, поэтому решено было отравить его. Он прожил двадцать три года, и, хотя официально умер от четырехдневной малярии, большинство тогдашних писателей считали, что Карлос был осужден инквизицией и отравлен.