При таком скоплении людей на ограниченном месте остро ощущались проблемы санитарии. Гальюны на корабле отсутствовали. Нужду матросы справляли с балконов на корме или носу. Если таковых приспособлений не было, для отправления нужды использовались ведра или пространство между обшивкой днища и трюмным настилом. В теплую погоду нечистоты начинали испускать такой запах, что невозможно было пройти мимо открытого трюмного люка. Эухенио де Саласар, описавший свое путешествие пассажиром на борту галеона в 1573 г., отмечал, что насосы, откачивавшие трюмную воду, «испускали пар, как в аду, и воняли, словно дьявол». Разумеется, в таких условиях заводились крысы. Отправляясь в 1622 г. из Гаваны в Испанию эскадра (в том числе галеон «Nuestra Senora de Antocha») провела чистку трюмов. Только на одном корабле удалось убить более тысячи крыс. Крысы были не только разносчиками заразы. Они поедали припасы, загрязняли питьевую воду, повреждали паруса и канаты. Галеоны часто брали на борт животных для того, чтобы иметь в походе свежее мясо. Чаще всего это были куры, свиньи, козы, иногда коровы. На галеонах в Новый Свет иногда доставлялся крупный рогатый скот и лошадей. Животные были дополнительным рассадником антисанитарии. Кроме того, их приходилось защищать от крыс. Проблему доставляли и мелкие вредители: тараканы, скорпионы, мыши и, конечно, блохи и вши. Хотя каюты и нижнюю палубу регулярно окуривали дымом, спасения от вшей и блох не было. Не спасал ни социальный статус, ни состояние. Пассажиры испытывали все трудности наравне с командой, но для них утешением было то, что с завершением плавания проблема решиться сама собой.
Когда галеон находился в открытом море, его команда жила от вахты до вахты. Время отмерялось песочными часами, расположенными у позиции рулевого. Практиковалась трехвахтенная система. Экипаж делился на три вахты, каждая из которых поочередно отстаивала четырехчасовые дежурства. Первая вахта начиналась в полночь и продолжалась до 8:00 утра. Этой вахтой командовал штурман. Утренней и дневной вахтой командовал мастер, а вечерней вахтой капитан. К XVII в. дневную вахту разделили на две «собачьи вахты», что позволило ротировать вахты. На рассвете юнги читали молитвы: «Отче наш…» (PaterNoster) и «Богородице Дево…» (Ave Maria). Молитвы читались в начале каждой вахты, а также при каждом повороте 30-минутных песочных часов. Пищу матросы принимали в течение дня.
Офицеры и пассажиры имели собственные запасы провизии, тогда как рацион матросов и солдат был очень ограничен. Корабельные сухари делали из пшеничной муки (1,5 фунта или 0,7 кг на человека в сутки). Кроме того, выдавалась порция menestra — смеси нута, чечевицы, риса и бобов. Рацион дополнялся 0,5 azumbre (чуть больше литра) красного вина. Традиционно матросы также получали четыре дня в неделю вареную солонину и три дня в неделю вареную селедку. Постными днями были среда, пятница и суббота. В северных водах вместо вина иногда использовалось пиво или сидр. Мясо могли заменять сыром, в первую очередь в тех ситуациях, когда варить мясо не было возможности. Чтобы улучшить запах и вкус пищи применялось оливковое масло, уксус, лук, оливки и чеснок. Каждый готовил сам себе или объединяясь в группы. В целом испанцы меньше страдали от цинги, во многом благодаря средиземноморской диете. Цинга встречалась на испанских кораблях так редко, что даже получила название «голландской болезни». Словом, пища испанских матросов была не слишком вкусна, но достаточно питательна.
Но если пища была удовлетворительной, этого совершенно нельзя было сказать об остальных условиях на корабле. Скученное проживание приводило к быстрому распространению болезней. Смертность в Европе XVI–XV11 вв. была высока, но на кораблях в Карибском море ситуация была еще хуже. Смертность 15–20 % среди находившихся на борту считалась нормальной. Но если на корабле вспыхивала эпидемия, то смертность резко подскакивала вверх. Словом, на борту испанского галеона ситуация напоминала ситуацию в городе, пораженном эпидемией чумы. К смертности от болезней следовало прибавить риск погибнуть в бою или при кораблекрушении, а также риск подхватить экзотическую тропическую болезнь.