— Если я возьму вас в действующий корпус, останетесь ли вы на Кавказе? — спросил Н. Н. Муравьев.
— Останусь.
Бакланов был назначен начальником иррегулярной конницы Александропольского отряда. Под его команду вошли 2 донских казачьих полка, 2 линейных и 3 конно-мусульманских. Он был направлен в отряд генерала Ковалевского, к крепости Ардагану. Крепость сдалась без боя.
Началась осада горной твердыни — крепости Карса. Сам главнокомандующий прибыл руководить осадой. Бакланову было поручено поддерживать окружение северной части крепости.
По несколько раз ночью Бакланов, закутавшись в бурку, выходил из палатки, поверял часовых в лагере, прокрадывался к самым крепостным валам и высматривал за ними турок. Турки видели его и боялись грозного «Баклан-пашу». Свои видели его тоже и бодрствовали, чувствуя над собою недреманное око командира. Когда турки посылали отряды за скотом или фуражом, они всегда попадались в руки казаков, посланных вслед им Баклановым. «Баклан-паша» забирал пленных и перехватывал гонцов. Никто из Русских не знал так точно, что делается в крепости, как знал Бакланов. Ночью, незадолго до намеченного приступа на крепость, Бакланов побывал у самых крепостных стен, подсчитал орудия и доложил Н. Н. Муравьеву, что еще не настало время для приступа. Нельзя ожидать удачи.
Приступ состоялся. Русские войска потеряли убитыми 4-х генералов, 248 офицеров и 7000 солдат. Они могли захватать лишь часть передовых укреплений Карса.
16 ноября 1865 года Карс сдался.
Генерал Бакланов уезжал на недолгое время на Дон, и 2 февраля 1857 года вернулся на Кавказ, где был назначен Походным атаманом действующих на Кавказе казачьих полков. Назначение то не удовлетворило кипучую, жаждущую боев природу Бакланова. Тут приходилось иметь больше дела с бумагами, чем с живыми людьми.
— За этими делами, — говаривал Бакланов — можно и совсем забыть свое ремесло.
Он его не забывал. Неутомимо проверял он казачьи полки, улучшал быт казаков, учил, как вести войну с горцами, как ладить с ними, и как мирным путем завоевывать сердца этих простых и честных людей. Ни одна малая команда, ни один пост, где-нибудь в горных кручах, не был оставлен им без внимания и без сердечной беседы с казаками.
Годы, прежние ранения, кое-как залеченные; непрерывная езда, то верхом, то в открытом тарантасе, ночлеги в горах под буркой у костра, на голых скалах сломили железное здоровье Бакланова. Он заболел. Врачи настаивали на необходимости отдыха. Бакланов был отпущен на Дон.
В 1863 году в Польше поднялось восстание. Бакланов был назначен начальником собранных в Виленском округе казачьих частей. В начале июля он прибыл в Вильно. С ним пришла в Польшу и его кавказская слава и нелепые слухи о нем, как о диком человеке, чуть не воплощенном дьяволе. «Даджал» и тут был пущен в ход.
— Чего только обо мне ни говорили, — рассказывал Бакланов, — кем только меня ни называли. И гунн-то я, и питаюсь будто человеческим мясом, никому пощады не даю. Да к лучшему это было. Меня боялись; одного имени моего трепетали, и как это мне помогало! Нас была горсть, а враг был везде..
7 июля в Вильно генерал-лейтенант Бакланов отдал казачьим частям следующий приказ:
«Станичники и односумы!
Я выехал из родного края 19 июня и привез вам от него поклон. Дон завещает вам бороться одному против десятерых и охулки на руки не класть! Дон дышит пламенною любовью и преданностью к царю нашему; он ждет с нетерпением воли монарха двинуться на внешнего врага, замышляющего нарушить спокойствие святой Руси. На вашу долю пал жребий быть впереди — против врага внутреннего. Вы потомки славных и могучих предков наших Азовского сидения. Молодечество ваше против мятежников радует Царя, и донская семья ликует за вас.
Братья, соберемся с силами, окрепнем духом и превозмогём все трудности и лишения, и покажем, что достойны называть себя потомками Тихого Дона. Настанет время — я буду посреди вас в беседе боевой, введу вас в бой с заветным кличем Ермака: „С нами Бог!“, силою коего булат наш остр — и не устрашимся. Уверен в вас, что вы такие же чудо-богатыри, как были водимые мною в бой деды, отцы и старшие братья ваши!»