Сын Скопы — Фёдор Иванович Скопин-Шуйский — всю жизнь провёл на «казанской украине» и на «крымской украине», воеводой в пограничных городах. Правда, по записям разрядной книги его воеводство началось в 1533 году на западном рубеже, в Вязьме, но уже в 1537 и 1540 годах он — воевода сторожевого полка в Коломне и Плёсе, в 1541—1544 годах — воевода в Костроме.
Это было время ожесточённого натиска на южные и восточные рубежи Российского государства крымских и казанских татар, непрерывных вторжений ханов и мурз в русские земли. Это было время, о котором неизвестный автор «Казанского летописца» писал: «Многие города русские запустели от поганых, Рязанская земля и Северская крымским мечом погублены. Низовская же земля вся, Галич, и Устюг, и Вятка, и Пермь от казанцев запустели. И было тогда беды за многие годы от казанцев и черемисов больше, чем при Батые. Батый единожды Русскую землю прошёл, как молнии стрела. Казанцы же не так губили Русь, никогда из земли Русской не выходили, когда с царём своим, когда с воеводами воевали Русь, и посекали, как сады, русских людей. И всем тогда беда и тоска великая в украине живущим от варваров, у всех русских людей из очей слёзы текут, как реки, покидая род и племя отечества своего, бегут во глубину Руси. Многие грады русские разрушены, и травой и быльём заросли села и деревни, многие области опустели от варваров...»
Кстати, воеводство Фёдора Скопина-Шуйского в Плёсе и в Костроме совпадает по времени с самыми жестокими и опустошительными походами в Поволжье казанского хана Сафа-Гирея.
Большой военной карьеры князь Фёдор не сделал. Правда, в 1546 году он был воеводой полка правой руки под непосредственным начальством брата Ивана IV князя Юрия Васильевича, но в 1551 году, судя по записи разрядной книги, снова оказался на южной границе в Коломне воеводой сторожевого полка.
Известен военной деятельностью и следующий Скопин-Шуйский — князь и боярин Василий Фёдорович. В 1577 году он был воеводой сторожевого полка во время похода в Ливонию, затем собирал ратников в Новгороде. В 1579—1582 годах Скопин-Шуйский становится воеводой в пограничном Пскове и вместе с другим известным русским воеводой князем Иваном Петровичем Шуйским возглавляет знаменитую Псковскую оборону от короля Стефана Батория. Его храбрость и стойкость прославлены автором воинской повести, посвящённой этим событиям. В 1584 году Василий Скопин-Шуйский получает назначение наместника в Новгород — важный и почётный пост. Ещё раз новгородским наместником он становится в 1591 году, в самый разгар обострения русско-шведских отношений. Как известно, в результате военных действий России были возвращены северо-западные русские города Ям, Орешек, Ивангород, пробит выход к Балтийскому морю. Новгород являлся важнейшей крепостью в ближнем тылу действующей армии, именно здесь собирались рати для походов, и роль новгородского наместника в войне была весьма заметной.
Показательно, что князья Скопины-Шуйские, несмотря на родовитость (сам Василий Шуйский, будущий царь, принадлежал к младшей ветви их княжеского рода), не проявляли особой активности в придворной борьбе, оставались как бы в тени, а поэтому не подвергались серьёзным опалам даже в царствование Ивана Грозного. Василий Скопин-Шуйский даже входил в «государев опричный двор».
Все Скопины-Шуйские были воеводами. Эту семейную традицию продолжил и самый известный из них — Михаил Васильевич Скопин-Шуйский.
Сведения о детстве и юности Михаила Скопина-Шуйского крайне скудны. Известно, что родился он в 1587 году, рано осиротел (его отец, князь Василий Фёдорович, умер в 1595 году и погребён в Суздале, в семейном склепе, в соборной церкви Рождества Богородицы). Мальчика воспитывала мать Елена Петровна, урождённая княжна Татева. По обычаю того времени ещё в детстве Михаил был записан в «царские жильцы». В 1604 году разрядная книга впервые упомянула Михаила Скопина-Шуйского. Во время пира, который давал царь Борис Годунов кизилбашскому послу, он «смотрел и сказывал в большой стол», то есть получил придворное звание стольника. При Лжедмитрии I юноша был пожалован в «великие мечники» — во время торжественных церемоний «с мечом стоял». Именно Михаила Скопина-Шуйского послали в Выксину пустынь за царицей Марфой, матерью погибшего в Угличе царевича Дмитрия, чтобы она приехала в Москву и признала самозванца своим подлинным сыном. Было тогда Михаилу всего девятнадцать лет, и можно предположить, что стремительная придворная карьера обусловливалась не его собственными достоинствами (хотя современники отмечали, что он с молодости обладал «многолетним разумом»), а покровительством дяди, боярина Василия Шуйского, который пользовался большим влиянием. Так, на свадьбе Лжедмитрия I с Мариной Мнишек всей церемонией распоряжался «тысяцкий боярин князь Василий Иванович Шуйский», а «с мечом стоял» его племянник Михаил. Не забыли и Елену Петровну Скопину-Шуйскую она числилась «в сидячих боярынях за большим столом», место тоже весьма почётное. Юного князя Михаила даже прочили в Боярскую Думу.