К концу 1980-х гг. церковь находилась в полуразрушенном состоянии. В то время бывший храм принадлежал Худфонду РСФСР, разместившему в здании Экспериментальный скульптурно-производственный комбинат. В 1988 г., после настойчивых просьб, храм вернули верующим, и он стал одним из первых храмов, возрожденных в Ленинграде после начала перестройки. Восстанавливали его всем миром. Возрождение храма стало общим делом десятков добровольцев, обеспокоенных тяжелой судьбой памятника культурного наследия. Спасение муринской церкви стало одной из акций, сформировавших во второй половине 1980-х гг. широкое общественное движение за спасение и возрождение старого Петербурга.
Однако все это время никак не удавалось решить вопрос о возвращении церкви верующим. Только в конце июня 1988 г., вскоре после торжеств по поводу тысячелетия крещения Руси, власти вернули храм, а 6 декабря 1988 г. его освятил митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий (впоследствии – Патриарх Московской и Всея Руси Алексий II). На следующий день, в праздник святой великомученицы Екатерины, во вновь освященном храме прошла первая после долгих лет опустошения и разорения божественная литургия. Храм подняли буквально из руин за десять лет, к 1998 г. Но только на Пасху 2002 г. впервые в полный голос зазвучали колокола на обновленной звоннице…
Еще в 1970-х гг. Мурино оказалось практически на краю Ленинграда. Почти вплотную к Мурино подступили новостройки. Появление здесь в 1978 г. конечной станции метро «Комсомольская» (с 1992 г. – станция «Девяткино») еще больше приблизило жителей к городу, хотя Мурино и по сей день территориально относится к Ленинградской области.
С тех пор Мурино стало повторять судьбу многих ближних предместий города, существовавших под дамокловым мечом расселения. По поселку поползли слухи о грядущем сносе домов и выселении. А раз так, то какой смысл ремонтировать дома, строить новые, если они обречены на слом…
В начале 2000-х гг. часть поселка попала в зону строительства Кольцевой автодороги: она прошла по западному краю Мурино, в нескольких сотнях метров от Екатерининской церкви. Строительные работы серьезно повлияли на экологическую ситуацию в Мурино. Как только началась забивка свай и прокладка туннеля, стали происходить подвижки грунтов. В значительной части села резко повысился уровень грунтовых вод, что привело к затоплению подвалов и садовых участков. От работы тяжелой строительной техники старые сельские дома испытывали постоянную вибрацию, которая пагубно влияла на состояние старых построек. Ради строительства кольцевой автодороги и развязки возле нее пришлось «пожертвовать» несколькими старыми муринскими домами.
Как отмечают специалисты в сфере недвижимости, в последние годы районы Мурино и Новое Девяткино пользуются повышенным спросом у покупателей жилья, поскольку отсутствие промышленных предприятий и близость Карельского перешейка обеспечивают этому району хорошую экологию. Кроме того, привлекает транспортная доступность и близкое расположение к городу.
В конце 2009 г. группа компаний начала строительство жилого квартала «Новое Мурино» – юго-восточнее пересечения Центральной улицы и Токсовского шоссе. Он представляет собой проект комплексного строительства микрорайона с собственной инфраструктурой – школами, детскими садами, спортивными сооружениями и магазинами. В квартале будет построено девять жилых домов, спроектированных по концепции «Полноценные квартиры небольшого метража». Первая очередь строительства представляет собой 27-этажный дом. Предполагается, что «Новое Мурино» займет одно из самых перспективных в плане жилой застройки мест в ближайших пригородах Петербурга.
У администрации волости и области возникла идея об объединении всех поселений и образовании города Девяткино Ленинградской области. Возможно, экономически это оправдано, но неминуемо приведет к исчезновению названия «Мурино» с географических карт и забвению уникального прошлого этих мест… Все это вызвало волну возмущений у местных жителей, а также у интеллигенции Санкт-Петербурга.
В середине 2000-х гг. развернулась борьба за топоним «Мурино», завершившаяся победой муринцев. В 2006 г. было создано МО «Муринское сельское поселение». В следующем году в нем появились свои герб и флаг. В их основу легло изображение святой великомученицы Екатерины, являющейся небесной покровительницей поселка.