Вход на территорию тюрьмы устроен в здании с квартирами надзирателей – центральный фасад постройки выходит прямо на набережную и выделяется угловыми башенками и завершением в стиле крепостных сооружений. Постройка расположена прямо перед тюремной церковью. Вход в виде портала устроен в центральном ризалите – более высокой части небольшого двухэтажного здания.
Одиночные камеры площадью 8 кв. м имели стандартное оснащение: стол, стул, этажерка, железная кровать, прикрепленная к стене, санузел с унитазом и умывальником с водопроводной водой. Днем кровать поднималась и прикреплялась к стене, чтобы дополнительно помучить заключенного, который с пяти часов утра и до вечера мог только сидеть за столом. В баню выводили два раза в месяц. Если заключенный прибывал в тюрьму с комплектом собственной летней и зимней одежды, то он оставался в ней. При отсутствии личных вещей арестанта одевали в казенную робу.
Для наказания непокорных арестантов кроме лишения переписки и свиданий с родственниками практиковалось помещение в карцер на срок до 30 суток с лишением горячей пищи и постельных принадлежностей.
Конечно, «Кресты» строились для содержания уголовных преступников, однако довольно быстро тюрьма стала использоваться для борьбы с политическими противниками режима. Один из таких узников, писатель и этнограф Порфирий Павлович Инфантьев, вспоминал: «Дело происходило осенью 1890 года. В то время с. – петербургская одиночная тюрьма существовала всего еще первое десятилетие. <…> С.-петербургская одиночная тюрьма была первой в России, построенной по образцу западных тюрем, и, находясь в непосредственном заведывании главного тюремного управления, она составляла, – да, впрочем, и теперь еще составляет, – гордость нашего тюремного мира. <…>
Но вот карета остановилась. Мой провожатый приказал мне выходить, и мы вскоре очутились в тюремной приемной, где, отделенные длинными широкими прилавками, сидели за столами и что-то писали разные тюремные чиновники и сновали приемщики и надзиратели, вооруженные торчавшими у каждого на боку револьверами. <…> После ванны надзиратель повел меня куда-то по длинному тюремному коридору, справа и слева которого, на всем его протяжении, расположенные одна над другой и обнесенные чугунными решетками, тянулись в четыре яруса ряды запертых одиночных камер, расположенных друг возле друга, точно соты в улье. Посредине этот коридор перекрещивался под прямым углом с другим точно такой же длины коридором <…>. На перекрестке двух коридоров находилась площадка, с которой сразу можно было видеть все, что делается во всех четырех концах и во всех этажах, за исключением пятого, подвального, этой тюрьмы, построенной наподобие четырехконечного креста, отчего арестанты и прозвали ее „Крестом“. <…> Над площадкой возвышается стеклянный купол, увенчивающий здание; внизу же, посреди нее, стоял небольшой столб – памятник Джону Говарду, знаменитому английскому печальнику об улучшении тяжелой доли заключенных… Как-то странно и дико было видеть этот памятник в тюрьме, где значительная часть заключенных составляли политические, т. е. люди, боровшиеся за свободу и права человека, каким был и сам Джон Говард. Живи он в наше время в России, русское правительство, наверное, не изображение его поставило бы в эту тюрьму, а его самого упрятало бы в одну из ее камер. Говорят, что потом этот памятник куда-то исчез. Должно быть, тюремное начальство догадалось-таки наконец, что ему тут не место».[92]
В числе политических заключенных – противников царского правительства в разное время были кадеты П. Н. Милюков и А. Ф. Керенский, социал-демократы А. В. Луначарский, Л. Б. Каменев, Л. Д. Троцкий и другие. В 1908 г. в «Крестах» отбывали трехмесячное заключение депутаты распущенной 1-й Государственной думы, подписавшие «Выборгское воззвание». В числе арестантов оказались такие известные политики, как председатель Думы Сергей Андреевич Муромцев, Максим Моисеевич Винавер, Владимир Дмитриевич Набоков, Ной Николаевич Жордания и Федор Федорович Кокошкин.
После свержения самодержавия «Крестами» активно пользовалось Временное правительство, отправляя сюда бывших царских сановников, например министра юстиции И. Г. Щегловитого, министра внутренних дел А. Н. Хвостова, председателя Совета министров Б. В. Штюрмера, директора Департамента полиции Е. К. Климовича, военных министров В. А. Сухомлинова и М. А. Беляева и многих других.