Латиняне предчувствовали приближающуюся для них катастрофу и всеми силами старались совратить униатов в католичество. Они не жалели денег на постройку церквей и часовен, чтобы только обратить к себе сердца народа. Католическое духовенство устраивало миссии и, переходя от одной церкви к другой, совершало в них торжественные богослужения с проповедями, часто на открытом воздухе, распространяло иногда недозволенные правительством книжки и производило большой соблазн среди униатского народа. Ксендзы продолжали крестить рождаемых от униатов детей в латинскую веру и не дозволяли униатским священникам собирать в костельных метриках справки о незаконно крещенных младенцах. Среди униатов повсюду рассевалась латинским духовенством ложь, доходящая до дерзости, на что указывает поступок управляющего Виленской епархией прелата Микуцкого, который письменно обнародовал выдуманный им якобы Высочайший указ о дозволении совращенным униатам оставаться в латинстве. Чтобы удержать униатов от перехода в православие, последние подвергались помещиками и ксендзами преследованиям. Эти усилия латинской партии помешать делу воссоединения обратили на себя внимание преосвященного Иосифа, и он постановил действовать решительно. Между тем шла добровольная подписка униатских священников о присоединении их к православию, и к концу 1838 г. численность подписавшихся доходила до 1305 человек. Пользуясь этим, преосвященный Иосиф 1 декабря 1838 г. представил обер-прокурору Святейшего Синода Протасову записку о необходимости безотлагательного присоединения униатов к православию, проводя в ней ту мысль, что если все униатское духовенство, за малыми исключениями, дало согласие на присоединение, «то и народ станет православным, как скоро его пастыри станут православными». Вместе с этим он советовал не требовать согласия на воссоединение от всех униатских прихожан, а также и совершать над ними обряд присоединения, так как подобная мера может вызвать противодействующую агитацию со стороны помещиков среди их крепостных крестьян. Вместе с этим владыка Иосиф советовал оставить на время униатам и их духовенству некоторые обычаи, не касающиеся догматов и таинств. Записка Иосифа была передана графом Протасовым на рассмотрение митрополитов Московского и Киевского, и те согласились с мнением преосвященного Иосифа, что не следует медлить с окончанием этого дела.
Когда дело воссоединения было подготовлено, 12 февраля 1839 г. в г. Полоцке собрались все униатские епископы и там вместе с прочим знатнейшим духовенством составили акт от лица всей Униатской Церкви о воссоединении ее членов с православием. Акт был представлен императору Николаю I, и тот препроводил его на рассмотрение Святейшего Синода. Синод, рассмотрев соборный акт, одобрил его и сделал следующее постановление: «Епископов, священство и духовные паствы так именовавшейся доныне Греко-Униатской Церкви по священным правилам и примерам святых отцов принять в полное и свершенное общение Святой Православной Кафолической Восточной Церкви Всероссийской...» На докладе Святейшего Синода по делу воссоединения государь 25 марта 1839 г. собственноручно начертал: «Благодарю Бога и принимаю».
Высочайшее соизволение 30 марта было заслушано в полном собрании Синода. Синод вручил епископу Иосифу грамоту к воссоединенным епископам и духовенству, причем Иосиф возведен был в сан архиепископа и принял присягу. Затем Синод, возблагодарив Бога, сделал распоряжение о приведении монаршей воли в исполнение. Всех униатов в это время присоединилось около двух миллионов человек.
В память воссоединения униатов вычеканена была особая медаль. На одной стороне медали изображен был нерукотворенный образ Спасителя с надписью сверху: «Такова имамы первосвященника» (Евр 8,1), а внизу: «Отторженные насилием (1596) воссоединены любовью (1839)»; на обратной стороне изображен восьмиконечный крест в лучезарном сиянии с надписью сверху: «Торжество Православия», а внизу: «25 марта 1839 г.»
Так закончила свое существование Литовская церковная уния, принесшая Западно-Русскому краю столько зла.