Кипучая и неустанная деятельность протоиерея И. Семашко, превосходящая, по-видимому, человеческие силы, была оценена императором Николаем Павловичем, и Семашко в 1829 г. назначен был викарным епископом и председателем консистории греко-униатской Белорусской епархии, с наименованием епископом Мстиславским и с правом присутствования в коллегии в Петербурге. Хиротония его совершена была 8 августа того же года митрополитом Булгаком, епископом Мартусевичем и католическим епископом Гедройцем в Римско-Католической церкви Св. Екатерины, что, по его словам, было для него весьма тягостно, так как совершалась она людьми, по духу и убеждениям ему чуждыми, но, принося присягу на верность папе, он произнес ее с пропуском несходных с его совестью мест.
Второго апреля 1833 г. Иосиф Семашко назначен был Литовским епископом и тогда же выразил желание присоединиться к Православной Церкви, о чем и подал просьбу в Святейший Синод, но по важным причинам желание его не было удовлетворено. Во всяком случае он получил уверение от министра Блудова, что недалек тот час, когда начатому им делу воссоединения будет дан желательный для него оборот.
Приняв в управление Литовскую епархию, епископ Иосиф отправился для обозрения ее, а также семинарии и училищ Литовской и Полоцкой епархий. Почти четыре месяца продолжалась его визитация, и везде, где он побывал, Семашко произвел на духовенство и народ самое плодотворное влияние. Желая приблизить дело воссоединения к скорейшей развязке, епископ Иосиф подал проект подчинить Униатскую коллегию Святейшему Синоду, но проект этот не встретил у русского правительства надлежащего сочувствия. Решено было только обновить высшую униатскую иерархию, и по указанию Иосифа в 1834 г. были назначены три епископа, а именно: Василий Лужинский — Белорусским, а Антоний Зубко и Иосафат Жарский — литовскими викарными епископами. Хиротония их совершена была митрополитом Булгаком, епископом Иосифом и латинским епископом Павловским. Иосафат Жарский сначала был католиком, затем вступил в орден базилиан и был в нем протоархимандритом, и наконец принял православие и умер Пинским епископом.
Нелишне заметить, что до 1831 г. вопрос о воссоединении униатов серьезно не поднимался. Вся работа по защите Униатской Церкви, главным образом, шла в том направлении, чтобы обезопасить ее от поглощения латинством. Решено было на первых порах очистить униатскую обрядность от латинства. С этой целью 4 февраля 1834 года в г. Полоцке состоялся съезд униатских епископов, и на нем по предложению епископа Семашко было постановлено: а) ввести во всех Униатских церквах богослужебные книги православного издания; б) устроить в Униатских церквах такие же иконостасы, какие существуют в Православных; в) ввести в употребление при униатском богослужении такую же утварь, какая существует в церквах Православных. Благодаря этим постановлениям униатские храмы должны были совершенно уподобиться и по внутреннему устройству, и по внешнему виду православным. Когда эти постановления коллегией были обнародованы, почти все униатское духовенство приняло их беспрекословно, за незначительным исключением.
Чтобы помочь Униатским церквам обзавестись православными богослужебными книгами, Российский Святейший Синод по ходатайству епископа Семашко разослал по церквам 1500 православных служебников и других церковных книг и назначил на каждую униатскую епархию по 500 рублей пособия для устройства иконостасов в беднейших приходах.
В том же 1834 г. епископ Семашко опять объехал униатские епархии и увидел, что воссоединение униатов принимает благоприятный оборот. Он повидался лично более чем с 800 священниками, собранными в определенных местах, беседовал с каждым из них, делал им нужные внушения и наставления и с удовольствием замечал, что многие из них не только без отвращения, но даже охотно обучались забытому, а некоторые и совершенно неизвестному, православному богослужению; что в духовенстве оживилась любовь к православной обрядности, оживилась и борьба с латинством.
Все это доставило ему немало радости, но немало было и противодействия как со стороны латинян, так и униатов. Латинская партия поддерживала молву, что принятие православных служебников есть уже присоединение к православию. Под влиянием этой партии были даже случаи протестов против введения православных служебников, но когда недовольным было разъяснено, что коллегия своими распоряжениями желает возвратить Униатскую Церковь к первобытной чистоте, то и те подчинились распоряжениям коллегии.