Карташевский, получив знаменитую записку Семашко, представил ее министру Шишкову, а тот — государю Николаю Павловичу. Великий восторг вызвало сообщение Карташевским Семашко, что государь не только обратил внимание на его записку, но и приказал Карташевскому объявить ему царскую благодарность. Еще более испытал Семашко радости и утешения, когда государь при представлении ему Семашко с митрополитом Булгаком и епископом Мартусевичем, излагая положение Униатской Церкви, почти слово в слово повторял целые места из его записки. Имея, таким образом, в самом государе крепкую опору для своих святых намерений, Иосиф Семашко поставил задачей своей жизни спасти униатское стадо от расхищения волков в одеждах овечьих, считая себя при этом орудием Божьим, избранным на. такой великий подвиг еще с детства.
Записка Семашко оказала громадное влияние на положение Униатской Церкви и послужила исходным пунктом в деле ее дальнейшего устройства. 28 апреля 1828 г. последовал Высочайший указ, которым повелевалось: 1) отделить в административном отношении Униатскую Церковь от Католической и для управления первой учредить особую Униатскую коллегию в составе митрополита (председателя), одного епископа, одного архимандрита и четырех протоиереев, обязав ее позаботиться об очищении Униатской Церкви от латинских обрядов и восстановлении чистоты ее на основах грамот 1595 г., положивших начало унии; 2) разделить Униатскую Церковь на две епархии: Белорусскую, с главным городом Полоцком, и Литовскую, с главным городом Брестом; 3) немедленно завести для униатов, готовящихся к духовному званию, училища и семинарии, а в Полоцке — академию, на содержание которых взять средства из имений базилианского ордена; 4) подчинить все базилианские монастыри местным униатским епископам и сверх этого предоставить коллегии право закрывать базилианские монастыри, какие она найдет нужным. Этот указ сильно встревожил иезуитов и базилиан, в особенности последних, так как он, во-первых, лишал базилианский орден дарованных ему папой прав и привилегий, а затем, вследствие отнятия у него монастырей и монастырских имений, материально обессиливал его. Лишь только был обнародован этот указ, со стороны латино-униатов предприняты были противодействия ему, но как униатский митрополит Иосафат Булгак, так и латинский епископ Мартусевич ослабить действия этого указа были бессильны. Тогда базилиане, униатские иезуиты, обратились за содействием к папе, и тот объявил русскому правительству против преобразований Униатской Церкви и особенно против закрытия базилианских монастырей энергичный протест. Но русское правительство не только не вняло голосу этого протеста, а, напротив, на папский протест был послан ответ, составленный Семашко по поручению императора Николая Павловича. В этом ответе было указано папе, что его вмешательство в униатские дела не имеет оснований, так как преобразование Униатской Церкви и сокращение лишних базилианских монастырей есть дело чисто внутреннее, так сказать домашнее. Вдобавок оно нисколько не противоречит тем обещаниям — не вводить в унию ничего, не принадлежащего Греческой Церкви, — которые дали его предшественники униатам и которые до сих пор не исполнялись. Этот ответ заставил папу замолкнуть.
Между тем начались преобразования Униатской Церкви, которые, в первую очередь, коснулись ее административного управления. Образована была особая Униатская коллегия, председателем которой по Высочайшему повелению был назначен униатский митрополит Булгак, а помощником его— Иосиф Семашко. Коллегии было поручено обревизовать все базилианские монастыри и ненужные из них упразднить. Через три месяца ревизия была закончена, и коллегией было закрыто более 60 базилианских монастырей, и фундуши их, с Высочайшего согласия, поступили на содержание униатских училищ и белого духовенства, которое, кстати сказать, получая не более 25 рублей в год на каждый приход, было совершенно не обеспечено. Затем приступлено было к основанию духовно-учебных заведений и, между прочим, духовной семинарии. Последняя была открыта 7 октября 1828 г. при Жировицком монастыре.
Чтобы ослабить официальную связь базилианского ордена с папой, когда умер прокуратор этого ордена, проживавший в Риме, по настоянию Семашко должность прокуратора была уничтожена, и преемник ему не был назначен.
Подготавливая униатов к воссоединению с Православной Церковью, Семашко, дабы ознакомить униатское духовенство с превосходством ее учения над католичеством, перевел сочинение Московского митрополита Филарета «Разговоры между испытующим и уверенным о православии Греко-Российской Восточной Церкви» на местный язык. Книжка эта, разосланная по униатским приходам, убедила униатов в том, что истина содержится только в Восточной Церкви, и принесла большую пользу в деле их воссоединения с этой Церковью.