Иосиф Семашко родился в селе Павловке Липовецкого уезда Киевской губернии 25 декабря 1798 г., т.е. в тот день, в который двести лет назад папа Климент VIII утвердил буллой унию, провозглашенную на Брестском униатском Соборе 9 октября 1596 г. Дед Семашко, Тимофей Семашко, был униатским священником еще при польском владении и за приверженность к русским чуть не попал на виселицу. Отец и мать его были униатами, жили в нескольких шагах от православной церкви и хотя сами не посещали ее, но по праздникам и воскресным дням посылали туда своего сына, который после возвращения рассказывал родителям все, что он слышал в церкви, и какие там читались Апостолы и Евангелия. Первоначальное воспитание Семашко получил в доме своего отца, который, владея 50 десятинами земли, занимался чумачеством, т.е. возил в Крым хлеб, а из Крыма— соль, или с Дона, пока в 1811 г. не был рукоположен в униатские священники. Вспоминая свое детство, Семашко в своих записках рассказывает о сне, который однажды видел его отец. Снилось отцу, что он вел своего сына, т.е. его, Иосифа, за руку по чистому безграничному полю к какому-то уединенному зданию. Перед ними открыли дверь в первую и вторую залы. С открытием третьих дверей перед их глазами показались пышные палаты, одна другой великолепнее, наполненные людьми чем дальше, тем, по-видимому, более знаменитыми. Но в эти двери и далее пустили только его, малютку, перед отцом же его двери закрылись. Когда отец Иосифа, после окончания им гимназии, отправлял его в университет, то вспомнил этот, по его мнению, пророческий сон и на прощание сказал: «Помнишь, сын мой, пустое, безграничное поле — это жизнь, которую ты получил от меня; дверь в первый зал — это домашнее воспитание, второй зал — гимназическое учение; то и другое ты получил от меня; в третьи двери мне уже за тобой не последовать. Ступай с Богом, пусть Он тебя проведет по этим пышным палатам». И предвещенное во сне сбылось. Будучи от природы любознательным, Иосиф Семашко еще в отроческие годы прочитал Библию три раза и знал ее содержание; найдя же в библиотеке своего отца некоторые исторические книги, прочитал их с таким вниманием, что изучил по ним римскую и английскую историю. Как малоросс, он любил пение, которое в Малороссии неразлучно связано со всякими семейными торжествами и со всякими домашними и полевыми работами. Особенно он любил церковное пение, находя в нем высокое духовное наслаждение. Десятилетним отроком он был определен в Немировскую гимназию и после ее окончания поступил для дальнейшего образования в главную семинарию при Виленском университете, в которой воспитывалось 34 католических и 16 униатских воспитанников. Живя в главной семинарии среди латинян, не мог он не поддаться влиянию товарищей и начальства, пропитанных насквозь польско-католическим духом. Но это увлечение скоро прошло, как только в его руки случайно попались сочинения, изданные в Австрии и направленные против злоупотреблений папской власти. Чтение их отрезвило его, и из семинарии он вышел не только без всяких предубеждений против Православной Церкви, но и с сильными предубеждениями против Римской. Между студентами семинарии тогда все русское не только презиралось, но и изгонялось. Взять в руки русскую книгу считалось великим преступлением и даже предательством. И вот однажды, как рассказывает в своих записках Семашко, товарищ его Антоний Зубко (впоследствии епископ) достал как-то номер старинного журнала «Улей», и они стали вдвоем просматривать его в классе до прихода учителя. Какой поднялся шум, когда увидели это студенты. «Разве такие нам нужны священники, кричали они, которые... сочувствуют России!» И они должны были немедленно спрятать журнал. Этот тлетворный, антирусский дух, пропитавший духовную атмосферу семинарии, Семашко не коснулся. Он только побудил его глубже вникнуть в те ненормальные и крайне несправедливые отношения, какие установили поляки по отношению к русскому народу. Обладая недюжинными способностями и отличаясь к тому же образцовым усердием к изучению наук, Семашко в 1820 г. окончил курс высшей семинарии первым магистром и получил назначение в Луцк в качестве кафедрального проповедника и профессора богословия в тамошней семинарии. Желая посвятить себя служению Церкви и своему народу, он, отказавшись от семейной жизни, принял сан безженного иподиакона, а вскоре и диакона, и был назначен местным епископом Иаковом Мартусевичем заседателем Луцкой консистории, где хорошо познакомился с консисторскими делами. На 23 году жизни он был рукоположен в сан священника и после смерти официала Гачевского стал заведовать всеми консисторскими делами. Так как консистория вела переписку с гражданскими властями только по-русски, Семашко принялся за изучение русского литературного языка и вскоре основательно его усвоил. В 1822 г., на 24 году жизни, иерей Семашко назначен был асессором (заседателем) второго департамента (униатского) Римско-католической коллегии в Петербурге. Изучая униатские дела, он был поражен теми злоупотреблениями, которые царили в департаменте в обиду Униатской Церкви и в пользу католицизма. Делами департамента заведовал в то время прокурор коллегии Крыжановский, фанатический католик, который, действуя безапелляционно, направлял все поступающие туда дела во вред унии и в угоду католицизму, и если что и делал для унии, то только в пользу базилиан, получая за это от них большие деньги. Особенно подействовало на него дело о насильственном присоединении к Римско-Католической Церкви 20 тыс. униатов. Со вступлением Семашко в департамент произволу прокурора положен был конец. Современники Семашко рассказывают, что когда он являлся в общее собрание коллегии (униатов и латинян), то приводил в смущение находящихся там представителей латинства, так как был тверд и непреклонен в защите униатов, требуя для них справедливости, и побивал своих оппонентов знанием законов.