При императоре Павле I воссоединение униатов почти совсем приостановилось, и стало усиливаться католичество. Он строго запретил обращать униатов в православие, в то время как переход их в католичество оставлялся без внимания. Потворствуя униатам, Павел I учредил для них в 1798 г. две новые епархии: Брестскую — для губерний Минской и Литовской, Луцкую — для Волынской и Подольской. Сверх этого он улучшил положение католического духовенства и настолько сблизился с иезуитами, что они не замедлили пробраться в сам дворец и сделаться советниками и друзьями императора. Восстановив униатские епископии, император Павел I не дал, однако, униатам ни митрополита, ни самостоятельного управления, а в том же 1798 г. по проискам иезуитов издал указ о подчинении Униатской Церкви Римско-католической коллегии, находящейся в Петербурге. Последствия этого подчинения были весьма горестны для униатов. Римско-католическая коллегия тотчас же воспользовалась случаем для возможности расширить Римско-Католическую Церковь за счет Униатской. По всем областям, присоединенным к России, рассыпались католические ксендзы и повели пропаганду в пользу латинства. При содействии помещиков-католиков они тысячами стали совращать униатов, и в короткое время в одной только Полоцкой униатской епархии было совращено в латинство до 100 тыс. униатов; были нередки случаи обращения в латинство и православных. Униаты заволновались, ибо прекрасно понимали, что, находясь в подчинении Римско-Католической коллегии, они подвергнутся насильственному обращению, и поэтому стали вносить против такого распоряжения русского правительства свои протесты. Больше всего против этого распоряжения протестовал Полоцкий униатский архиепископ Ираклий Лисовский. Эти протесты возымели свое действие, и императором Павлом I был издан в 1799 г. указ, которым католическому духовенству под страхом строгой ответственности запрещалось совращать униатов и православных в католичество. В связи с этим указом в том же году был издан и другой указ, которым повелевалось, чтобы католические епархии управлялись самостоятельно, без сношения с папой. Таким образом, сделан был почин к отделению Католической Церкви в России от Рима, но иезуиты постарались так подействовать, что последний указ на практике никогда не применялся. 10 марта 1800 г. император Павел I скончался, а с его смертью приостановились и его полезные для Православной Церкви предначертания.
Император Александр I, вступивший на престол после Павла I, был человек высокой души, благородного стремления и мягкого сердца. Вся его деятельность направлена была ко благу своих подданных, без различия национальностей и вероисповеданий. Лишь только он вступил на престол, как немедленно расширил права поляков и круг их действий в области бывшего Литовского государства. Все важнейшие отрасли управления перешли в их руки, и эти лица, пользуясь сильным влиянием в порученных им сферах управления, стали всякими способами оказывать содействие латинизации униатского народа. Католические ксендзы целыми толпами, как некогда при Павле I, стали разъезжать по областям бывшего Литовского государства и объявлять, будто бы правительство русское предписало немедленно присоединить к латинству всех униатов. Униатские церкви захватывались насильно, и крестьяне поневоле принимали латинство. В этой непомерной ревности к скорейшему переводу униатов в католичество дело дошло до того, что некий экс-иезуит Шантырь задумал ввести в практику Униатской Церкви латинскую мессу и совершенно вывести из употребления славянскую литургию, но так как большинство униатских священников не только не понимало латинского языка, но и не умело читать по-латыни, он напечатал латинскую мессу польскими буквами. Затея его, однако, не удалась.