В то время как латиняне употребляли усилия слить унию с католичеством, среди униатов образовался кружок лиц, поставивший своей целью противодействовать насильственному совращению своих собратий в латинство, а также, очистив унию от латинских нововведений, приблизить ее к православию и к постепенному воссоединению с Православной Церковью. Во главе этого кружка стоял известный архиепископ Ираклий Лисовский. Притеснения, чинимые католиками униатам, побудили Лисовского послать в Петербург протоиерея Ионна Красовского с жалобой на униженное положение Униатской Церкви. Посольство это имело успех. Чтобы ослабить фанатическое влияние католического духовенства на униатов, русским правительством в 1803 г. запрещено было обращать униатов в католичество, а затем, в 1804 г., в число членов католической коллегии, которой императором Павлом I были подчинены униаты, были включены униатский епископ и три асессора из среды униатского духовенства. Членом коллегии назначен был Брестский епископ Иосафат Булгак, оказавшийся впоследствии человеком чисто католических убеждений. В 1805 г. коллегия была разделена на два департамента: католический и униатский. Председателем последнего назначен был Ираклий Лисовский. Чтобы придать больше значения Униатской Церкви, по ходатайству Лисовского в 1806 г. была восстановлена униатская митрополичья епархия, на кафедру которой был возведен Лисовский со званием митрополита. Еще в царствование Екатерины Великой он начал очищение униатского исповедания от латинских примесей. Укрепив свою власть, Лисовский задумал окончательно освободить униатские монастыри от католиков, но это ему не вполне удалось; он смог только значительно подорвать силу базилиан в крае и поднять значение белого униатского духовенства. С целью сближения унии с православием Лисовский собственной властью ввел в своей епархии неискаженные греческие обряды, служил по московскому служебнику, отрастил себе бороду, учредил при Полоцком кафедральном соборе епархиальную семинарию для 50 священнических детей, отняв для ее обеспечения у полоцких базилиан незаконно присвоенные ими богатые имения, завещанные Полоцкой униатской епископии. Для получения же семинаристами высшего образования хлопотал об открытии в главной духовной латинской семинарии при Виленском университете отдела для греко-униатов.
Приближаясь к смерти, Лисовский оставил завещание, в котором умолял русское правительство принять все меры для спасения унии от латинизации или, по крайней мере, вверить Униатскую Церковь такому человеку, который был бы продолжателем начатого им дела. Лисовский умер в 1809 г. Его преемником на митрополию был назначен Луцкий епископ Григорий Коханович, Полоцким же епископом — протоиерей Иоанн Красовский. Отечественная война заставила на время забыть униатский вопрос, и Коханович умер в 1814 г., не сделав ничего существенного для защиты унии. Серьезным кандидатом на митрополию был Иоанн Красовский, которому и было поручено управление кафедрой, но вследствие интриг митрополитом назначен был Булгак, Красовский же попал под суд. Его обвиняли в нетрезвости, в жестокостях, в нарушении католических уставов и т.п. Из членов судной комиссии за Красовского стояли только двое — литовский каноник Василий Маркевич и протоиерей Луцкой епархии Иосиф Семашко. Министр исповеданий князь Голицын был настроен враждебно против Красовского, и дело последнего закончилось лишь при преемнике Голицына — Шишкове. Красовский был оправдан и переведен на кафедру в Луцк, где вскоре и умер скоропостижно, по общему мнению современников, от яда, поднесенного врагами.
Дело, начатое Лисовским и Красовским, однако, не заглохло, его продолжал брестский епархиальный униатский капитул (совет при епископе). Капитул этот еще в 20-х гг. XIX в. выступил на защиту прав униатского духовенства, попираемых базилианами, сторонниками латинизации Униатской Церкви. Члены брестского капитула сначала обратились за содействием к митрополиту Иосафату Булгаку, но когда тот не внял их просьбам, то подали министру иностранных исповеданий докладную записку, в которой просили: а) принять зависящие от него меры к обеспечению униатского духовенства от вредного на него влияния базилианского ордена; б) подчинить этот орден местным епископам; в) секуляризировать (упразднить) те базилианские монастыри, которые в разные времена незаконно захватили имения и разные фундуши, ранее принадлежавшие Униатским церквам; г) завести для духовного воспитания униатского юношества семинарии; д) основать институт для образования девиц духовного звания. Когда об этом узнали базилиане, то повели против угрожающей им опасности сильную атаку и благодаря заступничеству поляков, занимающих высшие посты в русской администрации, одержали победу: брестскому капитулу строго было воспрещено восставать против базилиан, а равным образом и против латинского духовенства.