Как глубоко пала восточная обрядность в унии, видно из того, что из числа 800 церквей Литовской епархии было только 80 с иконостасами; но, хотя и не без затруднений, все церкви постепенно были снабжены иконостасами. Когда же епископом Иосифом сделано было распоряжение об изъятии из церквей органов, темный народ с духовенством поднял ропот, однако, несмотря на чинимые препятствия, дело кончилось тем, что в 1836 г. в Литовской епархии не было ни одного органа. Взамен органистов назначались дьячки, получившие образование в Жировицком дьячковском училище. Но самое трудное было в недостатке хороших священников. Большинство из них были люди необразованные, пропитанные духом латинства, немало было и дурных. Для устранения последних от дел епископ Иосиф сократил маленькие приходы, отчислив их священников за штат, зато в большие приходы назначены были лицам надежные. Из 800 приходов закрыли больше 130. Таким же образом поступил он и с монастырями, упразднив из них меньшие, а в больших заменил монахов базилиан и латинян монахами из южно-русских областей, хорошо знакомыми с православной обрядностью.
Заботился преосвященный Иосиф не только об ускорении преобразований в богослужении и в устройстве Униатских церквей, но также обратил серьезное внимание и на образование, и воспитание будущих кандидатов на священнические места. Его стараниями был подобран состав преподавателей Литовской греко-униатской семинарии из людей глубоко и всесторонне образованных и искренно преданных делу воссоединения. Благодаря этому Литовская семинария не только поставляла уже православных по убеждениям новопоставленных священников, но и действовала через своих воспитанников на убеждения их родителей. Новопоставленным иереям давала ставленные грамоты не на польском или латинском языках, как было прежде, а на церковно-славянском.
Среди таких многосложных трудов преосвященный Иосиф встречал препятствия на пути скорейшего воссоединения униатов и со стороны православных, предпочитавших частное обращение общему присоединению и тем затруднявших и замедлявших дело воссоединения. Такое положение дела для владыки Иосифа становилось весьма тягостным. Затруднения на каждом шагу утомили его бодрый дух до того, что он решился сам присоединиться к Православной Церкви, а все прочее предоставить промыслу Божьему. 24 сентября 1836 г. Иосиф обратился с письмом к Петербургскому митрополиту Серафиму с приложением прошения о присоединении его к православию. Узнав об этом, император Николай I потребовал от Иосифа через вновь назначенного обер-прокурора Святейшего Синода графа Протасова объяснения о причине такой решимости. В ответ на это Иосиф представил записку, в которой указал на неустойчивость, колебания и опасности, которым подвергался весь ход униатского дела, главным образом по той причине, что министр внутренних дел, главноуправляющий иностранными исповеданиями, по самому положению своему является как бы защитником латинского духовенства, и поэтому не может в надлежащей мере обращать внимание на религиозную сторону униатского дела. В той же записке он указал на неправильные действия православного духовенства, раздражавшие униатов, и на дерзкие поступки панов и ксендзов, совращавших униатов в латинство. Единственным выходом из таких затруднений, по мнению владыки Иосифа, могло бы послужить подчинение Униатской Церкви если не прямо Святейшему Синоду, то обер-прокурору Святейшего Синода. Записка имела полный успех, и в январе 1837 г. последовал Высочайший указ о передаче всех дел Греко-Униатской Церкви в ведение обер-прокурора Святейшего Синода. Так приближалось дело к развязке.
В июне 1837 г. епископ И. Семашко отправился, с Высочайшего соизволения, для обозрения церквей Литовской и Белорусской епархий. Задушевной мечтой его во время этой поездки было двинуть дело как можно ближе к воссоединению и указать правительству на готовность к этому униатского духовенства.