В 1599 г. умер униатский митрополит Михаил Рагоза, раскаиваясь во всех своих делах на пользу унии и во вред православию. По свидетельству автора «Фриноса», он, «еще будучи живым, ходил точно мертвец и, испуская отчаянные вопли, окончил свою жизнь преждевременно (nagle)». Современники его пишут, что в последнюю минуту жизни он изъявил желание умереть православным, но окружавшие ложе больного униаты не допустили этого. На место Рагозы грамотой короля Сигизмунда назначен был известный вдохновитель унии Ипатий Поцей. Однако православное духовенство не сразу признало Поцея своим митрополитом, и назначение его было подтверждено вторичной грамотой от 8 апреля 1600 г. Грамотой этой король повелевал, чтобы все духовные и светские лица «религии русской» признали митрополита Поцея пастырем и, став под послушание «Костела Римского», оказывали ему послушание и почтение до конца его жизни. Король хорошо знал, в чьи руки вверяет судьбу унии, ибо Поцей по своим убеждениям был ярким выразителем духа латинства и на унию смотрел сообразно взглядам папы и латинской литовско-польской партии, т.е. как на полное слияние Западно-Русской Церкви с Римской. Он был и не последним ученым, и красноречивым оратором, и таким практиком, что не смущался перед самыми громадными трудностями и не содрогался перед самым жестоким насилием.
Какими же путями достигал Поцей своих целей? Мы видели, что православные считали борьбу с унией делом народным и в борьбе этой стали опираться на конституционные начала, в особенности на народные суды. Поцей понимал, какую угрозу для унии представляла подобная постановка дела, и постарался отклонить от нее эту опасность, т.е. освободить унию от влияния судов. Для этого ему, разумеется, нужно было предварительно сделать унию фактом, не подлежащим суждению и разбирательству, — делом, признанным законами, которое остается только исполнить. Необходимо было доказать, что уния была и прежде в Западно-Русской Церкви, и посему ей принадлежат все гражданские права, предоставленные королями западно-русским митрополитам, и что он законно вступил в обладание ими. С этой целью он издает собрание прав, предоставленных королями западно-русским митрополитам, в котором проводит мысль, что права эти касались именно митрополитов униатских. Реальному проведению в жизнь этой мысли посодействовала грамота короля от 8 апреля 1600 г., в которой он предписывал всем православным быть в повиновении у Поцея. Но как же заставить подчиниться всех тех, которые не убеждались ни доводами Поцея, ни грамотой королевской? Поцей решил предавать их как схизматиков и непокорных королю граждан в руки властей, что мы видим, например, из дела архимандрита виленского Троицкого монастыря Сенчиловича и членов виленского магистрата Тупеки и Кононовича, первый из которых был осужден королем на изгнание из государства, или банницию, а последние были лишены магистратских должностей и прав, присвоенных горожанам. Впрочем, пример этот не единичный.