Предстояла также Поцею еще одна трудная задача-завладеть имуществом православных монастырей и церквей; но так как все спорные дела об этих имуществах подлежали ведению гражданских судов, не всегда потворствовавших захватническим притязаниям Поцея, ему необходимо было устранить влияние судов на подобные дела. Поцей так толково повел это дело, что король, пользуясь принадлежащим ему правом раздачи общественных имуществ чинам государства, как светским, так и духовным, утвердил за Поцеем все церковные имущества, лично принадлежащие западно-русским митрополитам, увеличив их новыми пожалованиями, и предоставил ему право наблюдения за всеми вообще имуществами Виленской митрополии. Благодаря таким благоволениям короля к Поцею, последний захватил в свое владение все православные церкви в городе Вильне, оставив православным только одну Свято-Духовскую, причем при отнятии этих храмов не обходилось и без насилий. Так, 27 июля 1609 г. к виленскому Пречистенскому митрополичьему собору явились два королевских дворянина со шляхтичами и гайдуками, в числе нескольких сот человек, разбили замки у храма, забрали весь церковный скарб, двух соборных священников и диакона заключили в тюрьму и соборный храм с соборным и митрополичьим домом отобрали у православных в пользу Поцея. Поцей даже сам лично, ничего не стесняясь, нападал с вооруженными людьми на православные храмы, собственноручно разрывал там напрестольные одежды и даже святые антиминсы, остригал бороды и волосы священникам, подвергал их разным истязаниям и всячески притеснял и угнетал самым бесчеловечным образом защищавших свои храмы православных. С особенной яростью он преследовал членов православных братств Виленского и Брестского, их священников и учителей. Благодаря его проискам, у Свято-Троицкого братства была отнята в 1601 г. привилегия Стефана Батория на патронатство братства над Троицким монастырем, а в 1609 г., 7 марта, он завладел и самим монастырем формально. И не только Виленский Свято-Троицкий, но и другие монастыри, один за другим, переходили в руки Поцея. Настоятелей монастырей, не желавших унии, он предавал проклятию и силой заставлял их принять ее. Не удалось только Поцею осилить Киево-Печерский монастырь, братия которого воспротивилась даже королевским грамотам, выданным сначала на имя митрополита Рагозы, а затем и на его имя. Вообще, в г. Киеве Поцей не имел успеха в насаждении унии, хотя, после больших усилий, и овладел временно Киево-Софийским собором.
Направил Поцей острие своего всесокрушающего меча и на братства, в особенности на Виленское, как на самое могущественное и упорно противящееся унии. Виленское Свято-Троицкое братство, имевшее своих членов во всех концах Литвы и между всеми сословиями, страдало одним недостатком. Братство это составилось из различных цехов, т.е. готовых уже корпораций, посему в него влилось много членов, вступивших не столько по добровольному и разумному сознанию высоких обязанностей братства, сколько по желанию большинства членов этих корпораций. Это привело к печальному последствию, ибо некоторые члены этих корпораций, не твердые в православии, с началом унии отпали от него, приняли унию и готовы были составить свое братство— униатское. Этим воспользовался Поцей. Он объединил всех перебежчиков в братскую корпорацию при Свято-Троицком монастыре, при котором находилось православное братство, чтобы таким образом разбить силы православного братства и перенести все права его и имущество на новое униатское братство. Организатором этого братства Поцей избрал в 1606 г. Иосифа Вельямина Рутского, который выстроил здесь дом и завел училище. Униаты после этого прочно укрепились в Троицком монастыре, и православное братство, после окончательного перехода в 1609 г. монастыря в руки Поцея, было изгнано из него. Однако этой мерой Поцею не удалось окончательно парализовать деятельность Виленского православного братства. Оно обосновалось при оставленной православным церкви Св. Духа, куда и перенесло свои благотворительные и прочие учреждения. Впоследствии братство это, в отличие от Троицкого униатского, стало именоваться Свято-Духовским.