Наполеон покинул свою армию и, избегая встреч с английскими фрегатами, возвратился во Францию, тогда как французское войско, оказавшееся в безвыходном положении в Египте, сдалось англичанам в 1801 г. В этот период английские эскадры патрулировали Красное море, чтобы помешать французской эскадре с Маврикия соединиться с французским гарнизоном в Суэце. Более того, английская армия, состоявшая в основном из бомбейских войск под командованием сэра Дэвида Бэйрда, высадилась в Косейре на побережье Красного моря, прошла через пустыню к Нилу и достигла Каира через шесть недель после его захвата, однако вовремя, чтобы произвести впечатление на генерала Мену в Александрии, прекрасно сознававшего свою неспособность продолжать борьбу. Так, полной катастрофой завершился план Наполеона нанести удар англичанам в Индии через Египет. Большая заслуга в разгроме французских сил, если их можно так назвать, принадлежит, безусловно, маркизу Уэлсли, но главную роль, несомненно, сыграла британская военно-морская мощь как в Средиземном море, так и Индийском океане.
Второй план великого французского полководца состоял в том, чтобы использовать персидскую армию в качестве вспомогательных войск для вторжения в Индию через Тегеран, Герат и Кандагар. В 1800 г. Наполеон и русский царь Павел I серьезно рассматривали перспективу такой войны, хотя в то время этот план был нереальным. В 1801 г. Павел приказал донским казакам отправиться в поход на Индию. Не имея ни транспорта снабжения, ни карт, казаки послушно выступили на восток, но, дойдя до Волги, узнали об убийстве царя – надо думать, с большим облегчением – и отправились назад по домам. Этот поход на Индию неизбежно закончился бы плохо ввиду огромного расстояния, которое нужно было преодолеть, пустынности большей части территорий и неизбежности нападений воинственных племен Центральной Азии и Афганистана.
В 1798 г. Уэлсли получил письмо от Земан-шаха, в котором тот сообщал о планируемой им экспедиции в Пенджаб и обращался с просьбой, чтобы английская армия помогла ему изгнать маратхов с севера страны на Деканское плато. Уэлсли, который знал, что афганский монарх состоит в переписке с визирем княжества Ауд Али (который предложил ему большие деньги в обмен на помощь), другими мусульманскими правителями и раджами, решил начать действовать. Он проинструктировал натурализованного перса Мехди Алихана, который был резидентом Компании в Бушире, «принять меры к тому, чтобы заставить двор Персии держать Земан-шаха под постоянным контролем (чтобы помешать ему вернуться в Индию), однако без каких-либо явных враждебных действий». Судьба благоволила к Уэлсли, так как в это время Земан-шах отправил посла ко двору Персии с требованием отдать Хорасан Афганистану. Фатх Али-шах, который стал преемником своего дяди в 1797 г., ответил, что было его твердым решением возвратить восточные границы Персии к тому состоянию, которое они имели при Сефевидах, когда Герат и периодически Кандагар принадлежали Персии. На самом деле Фатх мало сделал помимо того, что дал немного войск Махмуду и его брату Фирузу, но эти действия и поход его армии к Хорасану в 1799 г., безусловно, заставили Земан-шаха удалиться в Пешавар.
Мехди Алихан успешно подготовил подход для британской миссии к шаху, и Уэлсли дал указания капитану (а позднее сэру Джону) Малькольму заставить Фатх Али-шаха оказать давление на Земан-шаха, создав угрозу для Хорасана и Герата, и противодействовать планам французов; торговые отношения тоже должны были быть улажены.
Замечательный молодой посол завоевал благосклонное отношение к себе благодаря знанию языка и приятному обхождению, а также подарками шаху и министрам. И Фатх Али согласился не заключать мир с Земан-шахом до тех пор, пока этот правитель не откажется от своих планов посягательства на британские владения в Индии. Малькольм со своей стороны согласился поставлять шаху оружие и боеприпасы в случае нападения на него афганцев и французов. Относительно последних в договоре содержались строгие указания об их изгнании и даже полном уничтожении. Первая миссия Малькольма увенчалась успехом, хотя Фатх Али-шах не проявил большого желания оказывать какого-либо военного давления на афганцев, но подчинение мятежных вождей Хорасана персидской власти понизило авторитет Земан-шаха.