Поставленный в 409 г. «Филоктет» развертывает антитезу между лукавой «мудростью» и честной прямотой. Представителем первого начала является классический «хитрец» греческой мифологии Одиссей; второе воплощено в Неоптолеме, юном сыне Ахилла. Одиссей и Неоптолем отправлены из-под Трои на остров Лемнос за Филоктетом, обладателем чудесного лука Геракла. Этот Филоктет на пути в Трою был укушен змеей; его незаживающая рана, мучительная и зловонная, сделала невозможным общение с ним, и греки, по совету Одиссея, высадили его спящего на Лемносе, где он жил в полном одиночестве, добывая себе пропитание луком. Трагедия построена на столкновении трех характеров: твердому и упорному в достижении поставленной цели, но не стесняющемуся в выборе средств Одиссею противостоит, с одной стороны, сын Ахилла, открытый и прямой подобно своему отцу, но неопытный и увлекаемый жаждой славы, а с другой, — столь же прямодушный Филоктет, питающий непримиримую ненависть к некогда обманувшей его греческой рати. Обладателя лука Геракла нельзя взять силой; Одиссей рассчитывает захватить Филоктета обманным путем, использовав для этой цели Неоптолема, недавно прибывшего под Трою и лично Филоктету неизвестного. Юноша, которому противен всякий обман, сперва поддается лукавым уговорам Одиссея, умело играющего на его стремлении к славе, приобретает доверие Филоктета, и тот во время припадка болезни отдает Неоптолему лук. Однако прямодушная доверчивость Филоктета и его страдания делают для Неоптолема невыносимым дальнейшее участие в интриге. Честная «природа» одерживает верх; Неоптолем сперва открывает Филоктету свои истинные намерения, а затем, видя, что упорство Филоктета не сломлено, возвращает ему лук и даже соглашается отвезти его в Грецию, отказавшись от своих славолюбивых мечтаний. Узел разрубается «божественным вмешательством»: с неба является Геракл и приказывает Филоктету отправиться с Неоптолемом под Трою. В этой развязке исследователи усматривают влияние драматической техники Эврипида.
Миф о Филоктете еще до Софокла обрабатывался Эсхилом и Эврипидом. Трагедии эти не сохранились, но, судя по античным сообщениям, Софокл подошел к сюжету совершенно самостоятельно. Фигура Неоптолема, а вместе с ней противопоставление характеров и нравственный конфликт, введены в миф о Филоктете самим Софоклом. Одиссею приданы черты софиста. Антисофистическую направленность имеет и основная антитеза трагедии, в которой подчеркивается превосходство «природных» добрых качеств над «мудростью». Софокл откликается здесь на актуальный для современников спор: возможно ли обучать «добродетели»? Софисты ставили себе именно эту задачу, между тем, как традиционная точка зрения состояла в том, что «добродетель» является «природным» качеством, к тому же передающимся по наследству от предков.
Кроме рассмотренных пяти трагедий Софокла, полностью дошли еще две. «Трахинянки» посвящены невольному преступлению Деяниры, жены Геракла Кроткая Деянира, желая сохранить любовь мужа, посылает ему плащ, пропитанный любовным средством, которое в действительности оказывается смертельным ядом. Деянира кончает жизнь самоубийством, а Геракл умирает в мучениях. Тема добровольной смерти подробно разработана в трагедии «Аякс», принадлежащей к числу ранних произведений Софокла. Аякс — прямой и суровый воин, всегда руководящийся в своем поведении чувством чести. Когда греки присудили доспехи Ахилла не ему, а Одиссею, он счел себя «обесчещенным» и замыслил ужасное мщение, но в припадке безумия обратил свое мщение против стада овец и быков, убивая и бичуя их, и тем навлек на себя новый позор. Софокл показывает сперва исступление Аякса, а затем чувство стыда, охватившее его, после того как припадок прошел. Притворным смирением он обманывает бдительность друзей и бросается на свой меч. В заключительной части трагедии идет спор о том, достоин ли честного погребения Аякс, вознамерившийся погубить греческое войско. Вопрос решается в том же смысле, что и в «Антигоне»: смерть ставит предел вражде, и оскорбление трупа есть нарушение «божеских» законов.
Софокл уступает Эсхилу в глубине мысли и в остроте проблематики. Как и Эсхил, он стремится открыть божественный правопорядок в естественном ходе вещей. Но в то время как для Эсхила благость божественного управления миром всегда составляла проблему, которую он разрешал показом победы прогрессивных начал, Софокл очень часто удовлетворяется убеждением, что боги справедливы, какими бы непонятными ни оставались их действия. Изображая жестокую судьбу Эдипа или матереубийство, совершаемое Орестом, он избегает постановки вопросов, которые могли бы смутить веру в правоту богов. Это связано также и с тем, что Софокл в своих поздних трагедиях уже является защитником полисной старины: когда сталкиваются старое и новое, симпатии автора всегда на стороне старого. Но в этой своей приверженности к полисным традициям Софокл остается представителем лучших сторон аттической культуры V в.