Царица Карфагена Дидона, тоже бежавшая из родного города Тира из-за коварства брата, строит теперь могущественный город в Африке. По воле Венеры и Юноны она полюбила троянского вождя. Вергилий описывает мучительную душевную борьбу Дидоны, желающей сохранить верность своему мужу, вероломно убитому ее братом Пигмалионом. В часы ночного безмолвия, не в силах забыться целительным сном, одна в своем дворце она вспоминает речи Энея, видит перед собой его лицо. Однако любви героев препятствует судьба, властно увлекающая Энея в далекую Италию. Поэт вставляет в свое повествование намеки и указания, дающие читателю возможность предвидеть в тот момент, когда герои счастливы, трагическую судьбу героини. Так, при встрече Энея и Дидоны в пещере поэт восклицает:
Эней, которому вестник богов Меркурий приказывает от имени Юпитера продолжать свой путь в Италию, подчиняется суровому долгу. Тщетны попытки Дидоны удержать его в Карфагене, В тот момент, когда корабль Энея покидает карфагенский порт, царица пронзает себя мечом, проклиная вероломство героя. Симпатии Вергилия на стороне Энея, но он с глубоким сочувствием, с большим душевным волнением изображает гибель Дидоны. Ее предсмертная речь полна величия и скорби:
Отплывая от берегов Африки, Эней видит пламя погребального костра Дидоны. Он полон мрачных предчувствий.
Большой интерес представляет 6-я книга, в которой рассказывается о том, как Эней спускается в подземное царство, чтобы повидаться с умершим отцом Анхизом. Прибыв в Кумы, Эней отправляется к пророчице Сивилле, жрице Аполлона, которая открывает ему тайны грядущей судьбы и сопровождает его в подземное царство. Для того чтобы получить доступ в царство теней, Эней должен сорвать в дремучем лесу золотую ветвь, глубоко спрятанную в зелени волшебного дерева. С помощью своей матери, богини Венеры, Эней находит сказочную ветвь, и Харон, перевозящий души умерших, переправляет его и Сивиллу на своем ветхом челноке через подземную реку.
При создании картины подземного царства Вергилий использовал гомеровские представления о местах обитания чистых и праведных душ, о Тартаре, в котором томятся преступники, и пифагорейскую теорию переселения душ, согласно которой после длительного очищения души смертных опять, в новом обличье возвращаются на землю. Ему не чужды и стоические представления об огненной природе души и о том, что в местах блаженных обитают прежде всего тени людей, принесших пользу своему государству. Все изложение пронизано скорбным сочувствием к страданиям людей, не прекращающимся и после смерти.
Стоя на высоком холме, Анхиз и Эней созерцают, как души их будущих италийских потомков готовятся подняться на землю. Перед основателем Италийского царства Энеем проходят его сыновья, внуки и отдаленные потомки, вплоть до Октавиана Августа. Мифологический материал приходит вновь в живое соприкосновение с современной Вергилию эпохой. Он рисует кровопролитную битву между Октавианом и Антонием при Акциуме; осуждая Антония и египетскую царицу Клеопатру, представительницу коварного и жестокого Востока, поэт возвеличивает Октавиана Августа, которому якобы суждено вернуть в Лациум «золотой век» блаженного царя Сатурна. Судьба Рима представляется ему в радостном свете. Отец Энея Анхиз обращается к своим будущим потомкам с такими словами: