Четыре сентая оснащённых Ки.61, в основном модификации «-хей», начали прибывать на Филиппинские острова ещё в июне 1944 г. Первым из них, используя в качестве транзитных баз Окинаву и Формозу, прибыл 17-й сентай под командованием майора Еситсугу Арамаки, чуть позже к нему присоединился 19-й сентай. Обе части, агрессивно действуя большими группами до 24 самолётов, весьма успешно боролись с «Хэллкетами», которые были частыми гостями в небе над Манилой, но при этом, разумеется, также несли серьёзные потери, которые восполнялись очень медленно и далеко не полностью. Правда, для усиления ПВО Манилы, на некоторое время был отозван из Малайи и размещён на аэродроме Кларк-филд 33-й сентай.
Когда 20 октября 1944 г. американцы высадились в заливе Лейте, угроза захвата американцами Филиппин стала очевидной. Для усиления давления на десант, в начале ноября на о. Лусон в помощь 55-му сентаю были переброшены 18-й и 19-й сентай. Однако в условиях подавляющего численного превосходства американцев японские части, в состав которых входили по существу новички, таяли на глазах. Так, все лётчики 55-го сентая погибли в воздушных боях уже к концу ноября. Те, кто выживали в яростных воздушных схватках, часто погибали на земле под сокрушительными авианалётами и почти постоянными штурмовками. В отражении налётов американской авиации Ки.61 сыграли едва ли не главную роль. Налет на аэродром Кларк-Филд 22 декабря встретил самый яростный отпор со стороны японских истребителей.
В воздушных боях над Филиппинами Ки.61 — хэй показал себя с самой лучшей стороны. Двигатель Ха.40 был уже достаточно доведённым, и его работа была гораздо стабильнее, чем год назад, а превосходные лётные данные и мощное вооружение делали самолёт грозным противником как для американских авианосных самолётов, так и для армейских двухмоторных бомбардировщиков. Пожалуй, главным минусом машины была максимальная скорость, снизившаяся до 580 км/час из-за усилившегося, а значит более тяжёлого вооружения, что было совершенно недостаточно во второй половине 1944 г., но даже и при этом в руках опытного пилота при использовании надлежащей тактики боя «Хиен» оставался весьма грозным противником.
Несмотря на всё старание японских пилотов, в условиях практически подавляющего превосходства американцев на море и в воздухе отстоять Манилу было просто невозможно. Почти постоянные налёты больших групп американской авиации сделали своё дело, и очень скоро главное поле аэродрома Кларк- Филд и примыкающие к нему рулёжные дорожки были окружены остовами разбитых японских самолетов. Уцелевшие пилоты и техники, которым посчастливилось выжить, но не удалось эвакуироваться, подобно своим товарищам на Новой Гвинее уходили в джунгли и переходили к партизанской войне.
Подавляющее превосходство американцев в воздухе над Филиппинскими островами явилось толчком к появлению «камикадзе». Можно по-разному относиться к этой тактике, но в тех условиях, это, несомненно, был единственный шанс нанести хоть какой-то урон американским силам вторжения. На начало декабря 1944 г. в составе 4-й Воздушной армии числилось лишь около 170 самолётов, и было принято, учитывая сложившуюся обстановку, всю воздушную армию сделать отрядом смертников. Об армейских «камикадзе» обычно пишут гораздо меньше, чем об их флотских товарищах, летавших на «Зеро», несмотря на то, что потерь они нанесли американцам не меньше. Однако, в этом «экстремальном» роде боевой работы было задействовано не слишком много «Хиенов», так как Ки.61 имели неплохие шансы в бою с американскими истребителями, поэтому их предпочитали использовать по прямому назначению, как истребители, в том числе и для обеспечения действия «камикадзе», причём как своих, так и флотских.