Выделяется несколько периодов становления униатской церкви. В первый период (1596–1632 гг.) происходило навязывание унии и противодействие ей со стороны части духовенства и городского населения. Оппозиционность проявлялась в разных формах – протесты, сеймовые дебаты, антиуниатская полемика, разного рода выступления вплоть до восстаний (Могилевское восстание 1618 г., Витебское восстание 1623 г., в ходе которого был убит униатский архиепископ И. Кунцевич, жестокими мерами вводивший новую веру). Под защитой казаков в 1620 г. восстановливается Киевская православная иерархия, считавшаяся польским правительством нелигитимной и подвергавшаяся преследованию. Второй период начинается с 1632 г. Осознав, что насильственное распространение униатства не приносит конфессионального согласия, и стремясь усилить единение восточнославянских земель с центральной властью, правительство Речи Посполитой пошло на определенные уступки православной и протестантской церквям. В 1632–1633 гг. православная церковь была признана королем Владиславом IV как равная униатской. Были восстановлены четыре православные епархии.
Униатская церковь расширяла свое влияние путем создания собственной системы образования, через полемическую литературу, книгоиздательство, основание храмов и монастырей, однако и на этом этапе использовалось принуждение. Униаты в богослужении пользовались церковнославянским языком, а старобелорусским и польским – чаще в проповедях (обращениях к верующим), в делопроизводстве, преподавании. Правящая элита Речи Посполитой проводила противоречивую политику по отношению к униатам. С одной стороны она поддерживала униатскую церковь, а с другой – хотела растворить униатов в католической церкви латинского обряда. Униатская церковь, желая сохранить самобытность, обратилась за поддержкой к папскому престолу. По жалобам униатского митрополита И. Руцкого, который добивался от Ватикана запрета переводить униатов в костелы, были изданы декреты ватиканской Конгрегации (от лат. congregatio – собрание, союз) о запрете «русскому униатскому народу», «русинам литвинской нации» переходить в латинский обряд. В жизни все было сложнее, и шляхта, особенно крупная и средняя, продолжала массовый переход в католичество в XVII–XVIII вв. Шло постепенное сближение конфессий, и после Замойского Собора (1720) в обрядности униатской церкви широко распространились католические элементы (органная музыка, скульптура, скамьи и др.), а в середине XVII в. на вальном сейме униатская церковь была признана «второй католической». Кроме того, на рубеже XVII–XVIII вв. правительство Речи Посполитой инициировало появление тайной программы православного львовского епископа И. Шумлянского, являвшегося скрытым униатом, по переводу православных епархий в унию. Реализация данной программы привела к тому, что осталась православной лишь одна Мстиславская епархия и вначале XVIII в. униатство стало наиболее распространенным вероисповеданием для белорусской этносоциальной общности.
Итак, с одной стороны, униатство явилось средством католической миссии на территориях восточных славян, но, с другой стороны, уния способствовала сохранению языково-культурной традиции белорусов, сформированной православием перед агрессивным польско-латинским наступлением. Уния в определенной степени стала препятствием для окатоличивания и ополячивания белорусов, поэтому со второй половины XVII в. польский костел начал гонения на униатов. По мере вытеснения православия нападкам со стороны католиков стали подвергаться сами униаты. Например, детей униатских священников при выходе из духовного сословия переводили в разряд крепостных крестьян, храмы и духовенство подвергались кощунственным действиям со стороны римско-католической шляхты и т. п. Также это выразилось в недопущении униатского митрополита и епископов в сенат Речи Посполитой. Места в сенате были им обещаны еще со времени Брестской унии, но не получены даже накануне разделов страны в конце XVIII в. Реформа митрополита И. Руцкого (1613–1637) по укреплению униатской церкви (в том числе образование ордена базилиан и базилианских школ, коллегиумов, обучение в которых шло без телесных наказаний, по широкой программе) привела к росту сторонников униатства. Оно стало основной религиозной конфессией среди белорусского крестьянства (80 %). В Речи Посполитой к 1772 г. униатская церковь насчитывала 9452 прихода, из них в белорусских поветах – 1199.