В конце учебного года, 6 мая 1904 года, вице-адмирала Г.П.Чухнина назначили главным командиром Черноморского флота и портов Черного моря. 19 мая он прибыл в Севастополь. Вскоре личный состав флота убедился, что адмирал Чухнин стремится развивать в офицерах и нижних чинах личную инициативу и распорядительность. Став главным командиром флота на пороге революционных волнений, обладая твердым характером и сильной волей, адмирал стремился поддерживать на флоте порядок и дисциплину, но остановить надвигающийся вал революционных событий он уже не смог. Черноморский флот непосредственно участия в шедшей на востоке войне не принимал, но постоянно питал своим кадровым составом, уходящие на Дальний Восток балтийские эскадры. Некомплект команды на кораблях пополнялся запасными и новобранцами, что резко снизило уровень боевой готовности флота и способствовало быстрому распространению революционных идей. Выводя в море Практическую эскадру, Г.П.Чухнин за три недели плавания убеждается в плохой подготовке всего личного состава. Эпизоды, с которыми ему пришлось столкнуться, совершенно не укладывались в элементарные понятия о службе:
Зрела политическая гроза 1905 года и первый шквал ее пронесся над Севастополем 3 ноября 1904 года. Накануне гражданские власти предупреждали командира главного командира о возможных волнениях портовых рабочих, и Чухнин запретил 3 ноября все увольнения в город из казарм флотского экипажа. Однако это распоряжение вовремя не получили во всех экипажах, в результате этого произошло массовое открытое неповиновение. Когда был вызван вооруженный караул для наведения порядка, в него полетели камни. Реакция адмирала была мгновенной: к вечеру 4 ноября арестовано несколько сот человек, и 35 из них предстали военному суду. В январе 1905 года пять матросов приговорили к каторжным работам, 23 – к заключению в арестантские роты и дисциплинарный батальон, 7 человек оправдали. Мало кто на флоте считал бунт матросов организованным выступлением. Г.П.Чухнин, располагая большей информацией, не питал иллюзий в отношении его инициаторов. В телеграмме управляющему Морским министерством от 6 ноября он сообщил:
Восстание на броненосце «Князь Потемкин Таврический» (14–24 июня 1905 года) застало командующего флотом в Петербурге, куда Чухнин убыл на обсуждение новой судостроительной программы. Экстренно вернувшись в Севастополь, он начал принимать все меры для поиска и захвата мятежного броненосца, отстранив от командования старшего флагмана Практической эскадрой вице-адмирала Кригера, упустившего «Потемкина» около Одессы. Под своим началом Г.П.Чухнин вновь вывел эскадру в море для решительного поиска восставших, однако «Потемкин» к этому времени уже прибыл для интернирования в Констанцу. Никакого, даже отдаленного сочувствия к командам, поднявшим красный флаг, Чухнин не испытывал. Отсюда быстрые и решительные действия по подавлению матросских выступлений.