Для обеспечения воспитательного процесса в 1952 году начала комплектоваться фундаментальная библиотека училища, в марте 1953 года была открыта типография. С первых дней функционирования училища полным ходом развернулись строительно-восстановительные работы. Уже к концу 1952 года были приняты в эксплуатацию северная часть главного здания, жилой дом для семей военнослужащих постоянного состава и подъездная шоссейная дорога. В следующем, 1953 году – северная соединительная часть главного здания, многоквартирный жилой дом для семей постоянного состава, аварийная электростанция, котельная, баня и прачечная, причем строительство бытовых объектов осуществлялось, в основном силами личного состава училища. Для решения вопросов, связанных со строительством, формированием и развертыванием учебно-воспитательной работы, училище дважды – 7 июля 1953 года и 18 июня 1953 года – посетил Главнокомандующий Военно-Морскими Силами СССР Адмирал Флота Н.Г.Кузнецов. Он внимательно знакомился с ходом строительно-восстановительных работ и вместе с командованием училища обсуждал вопросы развертывания учебно-лабораторной базы и совершенствования учебного процесса. 25 февраля 1953 года Президиум Верховного Совета СССР постановил вручить училищу Красное Знамя части как «
В связи с повышением роли подводного флота в современных условиях Директивой Главнокомандующего Военно-Морскими Силами адмирала флота Н.Г. Кузнецова №-490сс от 16 апреля 1954 года 3-є Высшее Военно-Морское инженерное Училище было переименовано и с 1 октября 1954 года стало называться Высшим Военно-Морским Инженерным Училищем Подводного Плавания – ВВМИУ ПП. Училище было переведено на новые штаты и изменен профиль подготовки специалистов. Директивой предписывалось готовить офицеров-инженеров для службы на подводных лодках в первичной должности командира группы электромеханической боевой части.
При перестройке организации в училище были упразднены факультеты и введена курсовая система управления. В 1955 году началось создание лаборатории двигателей внутреннего сгорания из двух отделений: отделение действующих двигателей и отделение холодных макетов двигателей.
Так как лаборатория не располагала действующими двигателями подводных лодок, то некоторые практические занятия проводились в лаборатории ДВС флотского учебного отряда, а также на подводной лодке КБП – 43, приданной училищу. Для привития курсантам практических навыков требовалась соответствующая учебно-лабораторная база. Ее отсутствие компенсировали приданные училищу старые корабли. Сначала капитально отремонтированный эскадренный миноносец «Бодрый», затем подводные лодки Б-34 и С-207. После недолгого использования в качестве учебно-тренировочных станций они были возвращены флоту.
1 октября 1954 года была создана кафедра «Энергетические установки подводных лодок и их боевое использование».
Начало 50-х годов для флота ознаменовалось исключительно важным событием – в сентябре 1952 года вышло Постановление правительства о создании атомного флота. Уже в 1954 году полным ходом шли судостроительные работы и на базе первой атомной электростанции в г. Обнинске было создано два стенда – аналоги энергетических установок будущих атомных подводных лодок на водяном и жидко – металлическом теплоносителях. Директивой начальника ВВМУЗ с 1956 года в ВВМИУ ПП были введены новые учебные дисциплины. На кафедре электрооборудования подводных лодок ввели два новых курса: «Теория автоматического регулирования» и «Элементы систем автоматики». На кафедрах энегергетических установок подводных лодок и тепловых двигателей с этого года стали читать новые специальные курсы: «Ядерные энергетические установки подводных лодок», Ядерные реакторы и парогенераторы АЭУ», «Паротурбинные установки».
1 июня 1956 года в торжественной обстановке начальник Военно-Морских Учебных Заведений ВМФ вручил первым выпускникам Высшего Военно-Морского Инженерного Училища Подводного Плавания дипломы инженеров и офицерские погоны с кортиками как символ принадлежности к славному офицерскому корпусу Советского Военно-Морского Флота.