В 1956 году училищу было разрешено открыть адъюнктуру, что позволило организовать активную и широкую подготовку научно – педагогических кадров за счет привлечения способной офицерской молодежи с флотов. Другим важным событием 1956 года было распоряжение начальника ВМУЗ об организации в училище подготовки инженеров-механиков на подводные лодки со специальными энергетическими установками. К началу 1956–1957 учебного года всем отличникам учебы, желающим служить на новых лодках, было предложено написать рапорты, хотя содержание понятия «новые лодки» держалось в строгой тайне и не раскрывалось.
После специального анкетирования, проведенного особым отделом, было отобрано 30 курсантов. Из них сформировали учебную спецгруппу, которой начали читать новые курсы «Ядерные энергетические установки подводных лодок», «Ядерные реакторы и парогенераторы», «Паротурбинные установки», «Дозиметрия». Большое внимание уделялось практическим занятиям, лабораторным и расчетно-графическим работам, а также курсовому проектированию по новым темам. Дипломники этой спецгруппы были первыми, кто делал дипломные работы по темам, связанным с ядерной энергетикой подводных лодок.
Среди выпускников 1958 года (третий выпуск ВВМИУ ПП) тридцать молодых лейтенантов получили дипломы с присвоением квалификации «инженер-механик» по специальности «Специальные энергетические установки подводных лодок», и таким образом, выпуск 1958 года официально можно считать первым выпуском инженер – лейтенантов на атомные подводные лодки.
Все работы по созданию учебно-лабораторной базы, необходимой для обеспечения учебного процесса, в течение 1955–1956 гг. проводились в основном силами личного состава кафедр и лабораторий.
Силами курсантов был построен 100-метровый стрелковый тир, не предусмотренный генеральным планом. Это обеспечило возможность проведения занятий по огневой подготовке с офицерским и старшинским составом училища, организовать работу по развитию стрелкового спорта и проведению занятий, проводить стрелковые соревнования и подготовить сборные стрелковые команды для участия в различных соревнованиях.
В 1958 году была упразднена курсовая система организации учебного процесса и управление учебными подразделениями. Вместо этого были созданы два факультета: дизельный и
электротехнический, а также ряд кафедр по новым направлениям подготовки инженеров флота. При переходе на факультетскую систему управления было создано несколько новых кафедр специального профиля: «Атомные энергетические установки подводных лодок и их боевое использование», «Автоматическое управление энергетическими установками подводных лодок», «Ядерные реакторы и парогенераторы АЭУ подводных лодок». Для обеспечения практических и лабораторных работ кафедр была создана общефакультетская лаборатория. В мае 1960 года решением Главнокомандующего ВМФ на базе четырех специальных кафедр был организован специальный факультет – факультет атомных энергетических установок.
В июле 1957 года по распоряжению командований Черноморским флотом училищу для учебных целей была передана подводная лодка М-113 XII серии. 17 августа1957 года ее подняли на стенку, разрезали на шесть частей и трейлерами перевезли на строительную площадку. В марте 1958 года силами кафедры и бригады рабочих Николаевской сдаточной базы кораблей строительство и монтаж этой уникальной комплексной УТС по борьбе за живучесть был закончен. В 1959–1960 годах силами личного состава училища было построено здание лаборатории. На базе этой комплексной лаборатории в августе 1960 года была создана объединенная кафедра теории, устройства, живучести управления подводной лодкой – ТУЖУ ПЛ.
В 1962 году вступила в строй лаборатория тренажеров по управлению подводной лодкой, которая позволила не только обеспечить все практические занятия курсантов по курсу ТУЖУ ПЛ, но и оказывала большую помощь флоту, обеспечивая тренировки личного состава 153-й Бригады Подводных Лодок Черноморского флота. Были построены пожарный и водолазный полигоны – лучшие в системе учебных заведений ВМФ. По тактикотехническому заданию, разработанному кафедрой силами Морского завода №-13 ВМФ на базе прочного корпуса подводной лодки тип «М» XV серии была смонтирована водолазная башня высотой 20 метров для отработки глубоководных погружений и выхода из аварийной подводной лодки.
В 1962 году была запущена в эксплуатацию первая действующая паротурбинная установка, состоящая из турбогенератора и парового котла, позволившая организовать планомерную практическую подготовку курсантов по эксплуатации ремонту паросилового оборудования подводной лодки. Действующая установка была смонтирована и запущена в эксплуатацию силами инженерного и лаборантского состава.