13 августа 1960 года кафедра электрооборудования подводных лодок была разделена на две самостоятельные кафедры: электроприводов подводных лодок и электроэнергетических систем подводных лодок. На кафедре атомных энергетических установок в 1966–1967 учебном году был смонтирован, и вступил в строй тренажер «Учеба-75» (МГР-154) по управлению АЭУ подводной лодки. В 1970 году был смонтирован и включен в учебный процесс тренажер «Пульт-70» (МТР-554) по управлению АЭУ. В этом же году были начаты разработка документации и строительство лаборатории «Борт-70» с действующей энергетической установкой. 12 августа 1972 года приказом Главнокомандующего ВМФ эта лаборатория включена в учебный процесс для отработки практических навыков курсантов по обслуживанию атомной энергетической установки подводной лодки.
На кафедре ядерных реакторов были разработаны, смонтированы и запущены в работу тренажер «УТ-2» на базе ЭВМ по управлению ядерным реактором и электронный имитатор нейтронно-физических процессов в ядерном реакторе «Сигма». На кафедре автоматического управления и контроля корабельных энергетических установок, была создана лаборатория систем управления и защиты, представляющая собой развернутый комплекс, состоящий из двухбортного, действующего натурного тренажера СУЗ подводных лодок второго поколения и двенадцать малогабаритных тренажеров, что позволяло проводить практические занятия и тренировки в составе одного учебного класса при высокой загрузке курсантов.
16 апреля 1964 года в соответствии с Директивой Главного Штаба ВМФ №-ОМУ(3)/701556 Третье Высшее Воєнно – Морское Инженерное Училище было переименовано в Севастопольское Высшее Военно-Морское Инженерное Училище. Работа в училище обогатилась новыми идеями и содержанием научно-методической работы. Регулярными стали научно-методические и научно-практические конференции профессорско-преподавательского состава по актуальным вопросам обучения и воспитания курсантов. В 1971–1972 годах на конференциях обсуждались вопросы о путях дальнейшего улучшения эксплуатационной подготовки выпускников училища, о повышении организации и качества нового набора, о совершенствовании учебно-воспитательного процесса, повышении эффективности преподавательского труда, улучшении качественных показателей успеваемости, укреплении воинской дисциплины. Была развернута работа по всестороннему обобщению опыта службы выпускников училища на флотах на основе анализа их практической деятельности и учета запросов флотов в отношении уровня их подготовленности. Особое место в этот период в практике обучения и воспитания занимали вопросы эксплуатационной подготовки курсантов. Расширялся парк тренажеров и действующих установок, отрабатывались новые формы занятий, тренировок и учений на них с целью наиболее эффективного освоения курсантами вопросов эксплуатации современной сложной корабельной техники. Но самым важным элементом эксплутационной подготовки всегда была корабельная практика, особенно участие курсантов в дальних морских походах кораблей. В 1969 году по решению Главнокомандующего ВМФ впервые несколько классов третьего курса училища в полном составе участвовали в дальнем морском походе по маршруту Мурманск – Северная Атлантика – Куба – Западная Африка – Мурманск.
Все эти годы училище продолжало благоустраиваться. В 1965 году построено здание курсантской столовой. Вошли в строй многоквартирный жилой дом для семей военнослужащих и сотрудников училища, районная котельная и шлюпочная база. В 1966 году было принято в эксплуатацию двухэтажное здание медицинской службы училища. Новые просторные помещения для читального зала, отделения художественной литературы, отделов библиографии и комплектования, хранилища учебного фонда получила фундаментальная библиотека. В 1977 году вступил в строй четвертый спальный корпус – пятиэтажное общежитие гостиничного типа для курсантов старших курсов, предусматривающих размещение личного состава одной роты в пределах одного этажа, в отдельных комнатах по 3–4 человека. В общих помещениях рот устанавливались гимнастические снаряды, столы для настольного тенниса и бильярда. Был создан комбинат бытового обслуживания – комплекс служб, включающий оборудованные современными средствами магазины, буфеты, банно-прачечное хозяйство, парикмахерскую, мастерскую по ремонту обуви, швейную мастерскую, курсантское кафе, клуб-кафе «Бригантина». Был реконструирован и расширен спортивный комплекс, позволявший заниматься любыми видами спорта не только на обязательных заня тиях по физической подготовке, но и в часы досуга.
Продолжались реставрационные работы по восстановлению первоначального вида фасада главного здания училища, объявленного памятником архитектуры, подлежащем охране государством. Заново перепланированный строевой плац училища в 1981 году украсился трибунами из гранита и мрамора. В 1982 году сдан в эксплуатацию подземный переход, соединяющий жилой городок с территорией учебных корпусов. Большие работы были выполнены по озеленению училища.