С 1402 г. Гус, преподавая в университете, одновременно стал проповедникам в Вифлеемской капелле. Капелла была основана в 1391 г. на средства чехов — рыцаря Гануша Мюльгейма и купца Кржижа Крамаржа. Они основали капеллу специально для проповеди на чешском языке, выступая, таким образом, против засилия немецкого духовенства в Праге. В 1402 г. место проповедника в Вифлееме было предоставлено Яну Гусу. По уставу основателей капеллы он должен был жить при часовне и ежедневно произносить проповедь. В Вифлееме возникла тесная связь Гуса с чешскими мещанами Праги. Кафедра Вифлеема стала политической трибуной, а Гус — признанным вождём чешского мещанства, главой бюргерской оппозиции, подобной оппозиции Виклефа в Англии. С этого момента началась борьба с католической церковью в форме проповеди, обличающей нравы духовенства и утверждающей идеал первоначальной христианской церкви. Гус для своих проповедей многое брал из учения Виклефа.
Началом чешской реформации считают 1403 г., когда в заседании университета были запрещены 45 тезисов Виклефа (24 тезиса были запрещены в Лондоне в 1382 г., а 21 тезис был составлен дополнительно в 1403 г.). В защиту положений Виклефа выступали многие магистры университета, среди них и Ян Гус. Они утверждали, что тезисы неправильно извлечены из книг английского реформатора и мысли его искажены. Тем не менее тезисы были осуждены и запрещены. Но именно с 1403 г. распространение реформационных идей усилилось и ускорилось. Запрещение тезисов Виклефа сообщило им большую популярность и привлекло внимание к этим вопросам. Пока Ян Гус и его сторонники критиковали нравы духовенства, католическое духовенство было бессильно против них. Но как только борьба переносилась на почву догматики (вероучения), католическое духовенство получало в свои руки могучее оружие, так как могло предъявить реформаторам обвинение в ереси и осудить их. Тем более это было удобно сделать с учением Виклефа, так как оно уже было осуждено как ересь в 1382 г. Поэтому католическое духовенство в Чехии настойчиво проводило мысль о том, что чешские реформаторы — виклефисты, и в моменты обострения борьбы запрещало тезисы Виклефа. Но проводить знак равенства между учением Виклефа и учением Гуса нельзя. При всём уважении Яна Гуса к Виклефу, как к единомышленнику, он отвергал его тезис о причащении, о таинствах, менее резко ставил вопрос о собственности духовенства, о церкви предопределённых, о папе, но этим их разногласия не исчерпываются. Основная мысль Яна Гуса заключалась в том, что священное писание — основа религии, является тезисом Матвея Янова. Эта мысль красной нитью проходит через учение Яна Гуса.
Первые годы реформации (1404–1407 гг.) были важным периодом в деятельности Гуса как профессора и проповедника. Король Вацлав взял под свою защиту многочисленных в то время сторонников реформации. Гус был духовным отцом кроткой, несчастной в браке королевы Софьи, и она ежедневно посещала его проповеди. Бесхарактерный, ведший беспорядочную жизнь король Вацлав тоже принимал его. Среди придворных было много почитателей Яна Гуса. Им нравилась проповедь Гуса о том, что духовенство должно быть бедным, как в первоначальной христианской церкви. Они надеялись использовать реформацию для секуляризации церковных имуществ (церковные владения составляли 1
/3 всех земель страны). Не случайно королю Вацлаву приписывались слова, что Ян Гус — курица, которая снесёт золотые яйца. Архиепископ Збынек, владевший мечом лучше, чем пером, и, по преданию, научившийся грамоте только после получения высокого сана, не сразу понял Опасность деятельности Гуса для католической церкви и оказывал ему покровительство.