В 1412 г. дело дошло до открытого разрыва Гуса с католической церковью. Папа Иоанн XXIII, человек, запятнавший своё имя прелюбодеянием, убийствами, гнусным обманом и другими пороками, прислал в Чехию своего легата, который продавал индульгенции, чтобы собрать средства для крестового похода против неаполитанского короля. Беззастенчивая, наглая торговля отпущениями грехов против христианского государя была последней каплей, переполнившей чашу терпения Гуса. Он открыто выступил против папы, что привело Гуса к разрыву с католической церковью. Гус объявил публичный диспут в университете на тему о том, можно ли продавать индульгенции. Диспут состоялся при огромном стечении народа. На диспуте выступали Гус и Иероним. Красноречие последнего произвело такое большое впечатление, что его провожало до дому больше студентов, чем признанного вождя реформации Гуса. На диспуте Гус и Иероним отвергли папские буллы, как противоречащие священному писанию. Вскоре после диспута по инициативе Иеронима буллы подверглись публичному осмеянию. Уличное шествие студентов пародировало сожжение книг Виклефа архиепископом. В пёстро украшенной колеснице везли студента, одетого блудницей, грудь которого была увешана папскими буллами. Потешный кортеж ряженых сопровождал колесницу. Процессия проследовала по главным улицам города. На одной из площадей буллы были сожжены под виселицей при огромном стечении народа. Тогда пролилась первая кровь в гуситском движении — были схвачены трое юношей, выступавших против продажи индульгенций. Гус взял вину на себя, но не смог спасти их. В городе было неспокойно, народ собирался на улицах, и юношей обезглавили, не доведя до места казни. Похороны казнённых превратились в грандиозную демонстрацию. Тела, завёрнутые в белоснежные простыни, провожало в последний путь множество чехов с пением «Это святые». Организатором демонстрации был Иероним. Юношей похоронили в Вифлееме по церковному обряду, и с тех пор часовню называли капеллой Трёх святых. Иероним и позднее Гус выступали в Вифлееме с проповедями, посвящёнными памяти казнённых. Открытая борьба сторонников реформации с католической церковью продолжалась. Папа Иоанн XXIII, разъярённый всем происходящим в Чехии, обнародовал новое церковное отлучение, которым Гус изгонялся из человеческого общества, а Вифлеем должен был быть разрушен. Немецкое духовенство — так как Гус был в Праге — перестало совершать богослужение. В Праге происходили уличные столкновения. Немецкие городские власти несколько раз пытались разрушить Вифлеем, но слушатели Гуса отстояли капеллу. Вацлав IV, рассчитывая на помощь Иоанна XXIII, больше не поддерживал Гуса. В декабре 1412 г. он предложил ему покинуть Прагу. Гус отправился в изгнание на юг Чехии и поселился в Козьем Градке. Он много времени посвящал литературной работе и создал в изгнании 15 чешских трактатов, которые являются наиболее самостоятельными из его сочинений. Он проповедовал среди крестьян округи и очень сблизился с ними. Из самых дальних деревень приезжали его слушать. Связь его с пражским мещанством не порывалась и поддерживалась частой перепиской. На досуге он создал орфографию чешского языка, которой мы и сейчас пользуемся. Гус заново перевёл на чешский язык библию, исправив старое издание. Этим он дал в руки крестьян и мещан могучее оружие в их борьбе против католической церкви и феодального строя.
Друг Гуса Иероним Пражский в это время распространял идеи реформации за границей. Ещё в 1410 г. он посетил двор короля Сигизмунда в Будине, побывал в Вене, а в 1413 г. совершил большое путешествие на восток. Он был в Кракове при дворе короля Владислава. Оттуда в свите князя Витовта он отправился в литовские земли и посетил белорусский город Витебск, бывший владением литовского князя, и русский город Псков. Иероним Пражский выступал не только перед государями, придворными и учёными магистрами. Он обращался к народу. В Кракове, Витебске, Пскове он вызвал большое возбуждение среди горожан. Иероним был глашатаем идей чешской реформации за границей. Гус проповедовал идеи реформации перед чешскими мещанами, а Иероним нёс те же идеи горожанам других стран. Особое внимание в своей пропагандистской деятельности он уделил славянским народам, русскому и польскому, близким чехам по языку и культуре.