В «протекторате Чехия и Моравия» тоже существовало «правительство», был и президент, которым остался за свои заслуги перед Германией Гаха. Фактически полными хозяевами протектората стали имперский протектор фон Нейрат и его ближайший помощник, бывший заместитель Генлейна в Судето-немецкой партии, Карл Франк, въехавший в Прагу вместе с Гитлером 15 марта. Первым «мероприятием» этих уполномоченных Гитлера явилось полное ограбление страны. Оккупанты крали всё — от предметов потребления до заводов и фабрик. Они вывезли из Чехословакии различных ценностей на миллиарды крон, значительную часть золотого запаса, 45 % паровозного парка и 76 % автомобилей. Ими были конфискованы и вывезены в Германию все военные материалы Чехословацкой армии стоимостью в 20 млрд. крон. Нужные им отрасли промышленности немцы забирали в свои руки, ненужные — закрывали. Оккупанты подчинили своему контролю всё чехословацкое сельское хозяйство, полностью вывезли запасы продовольствия в Германию, обрекая тем самым местное население на голод. Немцы не остановились на этом. Они стали вывозить из Чехословакии в Германию людей. За 6 лет гитлеровской оккупации туда было отправлено свыше 600 тысяч человек. Всякая политическая и культурная жизнь в протекторате была подавлена. Немцы ввели здесь свои законы и учреждения. Чехи были лишены всех прав. Им было запрещено говорить на родном языке. Делопроизводство велось только на немецком языке. Школы, театры, печать и издательства стали достоянием немцев. Университеты и большинство высших школ были закрыты, в оставшихся школах преподавали немцы. В стране установилось царство террора. Немецкие захватчики уничтожили в общей сложности 244 836 чехословацких граждан, из которых 200 тыс. погибло в концлагерях.
Но всё это не сломило чехословацкий народ. С самого начала германской оккупации начинается борьба чехов, словаков и закарпатских украинцев за своё освобождение. Эта борьба ведётся ими как внутри страны, так и вне её. С момента нападения Германии на СССР движение сопротивления приобретает ещё больший размах.