Президент Бенеш, не признавший мюнхенского соглашения, уехал ещё 5 октября 1938 г. сначала в Америку, а затем в Англию, где в 1940 г. встал во главе созданного в Лондоне Чехословацкого национального совета. Национальный совет стал организационным центром чехословацкой эмиграции в Великобритании. Он образовал кабинет министров, возглавленный Шрамеком и признанный к лету 1941 г. великими державами законным правительством Чехословацкой республики. В первые годы войны под влиянием проанглийски настроенных и связанных с консервативными кругами Великобритании членов Национального совета президент и правительство Шрамека занимали выжидательную позицию. Они выступали против организации активного сопротивления немецко-венгерским оккупантам внутри страны, против развёртывания партизанского движения, расходясь в этих вопросах с позицией чехословацкой эмиграции в Советском Союзе. Чехословацкая эмиграция в СССР, возглавленная руководителем КПЧ К. Готвальдом, с первых дней оккупации явилась инициатором и руководителем движения сопротивления в чехословацких землях, создания подпольных радиоцентров в Чехии и Словакии, организации партизанских отрядов, актов саботажа и диверсий против оккупантов. После нападения гитлеровской Германии на Советский Союз и первых ударов советских войск по германской армии президент Бенеш вступает с правительством СССР в переговоры, завершившиеся 18 июля 1941 г. соглашением об обмене посланниками, о совместных действиях в войне против Германии и о создании на территории СССР национальных чехословацких воинских частей. Одновременно лондонским чехословацким правительством предпринимаются некоторые шаги для организации воинских частей в других странах. Небольшая чехословацкая воинская часть приняла в конце войны участие в боях на западном фронте. Некоторые чехословацкие лётчики, находившиеся в Англии, участвовали в налётах английской авиации на германские города. Одновременно чешскими патриотами был создан батальон имени Яна Жижки, сражавшийся в составе югославской народно-освободительной армии.
Решающую роль в деле создания чехословацкой армии сыграли войска, сформированные в Советском Союзе. Заключённое в Лондоне 18 июля 1941 г. советско-чехословацкое соглашение предусматривало «…создание на территории Союза Советских Социалистических Республик национальных чехословацких военных частей под командованием лица, назначенного чехословацким правительством с согласия советского правительства». Соглашением от 22 января 1942 г. советское правительство предоставило для этой цели правительству Чехословакии заём, позволивший ему содержать на территории СССР воинские формирования.
Первое такое формирование — батальон под командованием подполковника Людвига Свобода уже в марте 1943 г. вступил в бой плечом к плечу с войсками Красной Армии под Харьковом у Соколува. В ходе боёв батальон вырос в бригаду, отличившуюся в боях под Белой Церковью, принимавшую в октябре — ноябре 1943 г. участие в борьбе за Киев. Чехословацкая бригада пополнялась главным образом за счёт переходивших на сторону Красной Армии словацких частей, а также за счёт собиравшихся в неё отовсюду чехов и словаков, бежавших от гнёта немецкой оккупации.
Заслуга руководителей чешского и словацкого народов состоит в том, что они правильно поняли и оценили роль Советского Союза в борьбе против фашистских агрессоров, в обеспечении мира и безопасности в послевоенный период.
В декабре 1943 г. в Москву прибыл президент Бенеш. В результате переговоров между ним и правительством СССР 12 декабря был подписан договор о дружбе, взаимной помощи и послевоенном сотрудничестве, заключённый на 20 лет и установивший основные принципы советско-чехословацких отношений.
Наступление Красной Армии на советско-германском фронте продолжалось. К лету 1944 г. чехословацкая бригада была развёрнута в армейский корпус, командиром которого стал теперь уже генерал Свобода. Войска Красной Армии приблизились к границам Чехословакии. Корпусу генерала Свобода советским командованием была дана возможность принять участие, в составе войск 1-го Украинского фронта, в битве за Карпаты. К моменту начала этой битвы значительная часть личного состава корпуса имела уже двухлетний опыт совместных с советскими войсками боёв против германской армии. Это обстоятельство сыграло решающую роль в ходе операции. Вступив в бой в сентября 1944 г. северо-западнее Кросно (юго-восточная Польша), взяв затем штурмом города Дукля, Теодорувка и Ивля и десятки сёл и деревень, чехословацкий корпус в непрерывных кровопролитных сражениях, во взаимодействии с частями Красной Армии, упорно продвигался на юг и вышел к Дукельскому перевалу. 6 октября стремительным броском подразделений первой бригады, поддержанных остальными частями корпуса, перевал был взят, и корпус вступил на территорию Словакии. Продвигаясь далее в глубь родной страны, корпус непрерывно пополнялся новыми контингентами из местного населения, превратившись в конечном итоге в армию Чехословацкой республики.