Организатором сопротивления немецким захватчикам на оккупированных территориях Чехословакии выступила чехословацкая компартия, поддержанная подавляющим большинством населения. Сопротивление выражалось в массовых актах саботажа, бойкоте всего немецкого, террористических актах и т. д. Руководили этими действиями члены подпольной организации, издававшей свои газеты и листовки. В Словакии и Закарпатской Украине широкий размах приняло партизанское движение. Немецкие власти проводят целый ряд жесточайших репрессивных мероприятий. Они расстреливают чешских студентов и рабочих, сажают их в концлагери и тюрьмы. Но сопротивление всё возрастает. Интеллигенция вместе со всем народом всё активнее борется против германских захватчиков. В 1940 г. Карл Франк заявил, что «2 тыс. чешских заложников, находящихся в концлагерях, будут расстреляны, если видные чешские деятели откажутся подписать заявление о лояльности». Но борьба не прекращалась. Гитлер негодовал. Он сместил Нейрата и назначил протектором Гейдриха, приказав ему усилить террор. Чехи ответили на это убийством Гейдриха. В отместку гитлеровцы 10 июня 1942 г. стёрли с лица земли чешскую деревню Лидице, уничтожив её население, и расстреляли многих заложников. Чехи усилили акты саботажа. Оккупанты попытались возложить ответственность за поведение рабочих на администрацию предприятий, заставив директоров заводов и фабрик подписывать такое заявление: «Я принимаю к сведению то обстоятельство, что я буду немедленно расстрелян, если фабрика прекратит работу без уважительной причины». Такая же ответственность была возложена на школьных учителей за поведение учеников. Но и это не помогло. Чехи, словаки и украинцы вплоть до момента разгрома гитлеровской Германии не прекращали борьбы. Формы этой борьбы в зависимости от обстоятельств были различными. Чехи, которых немцы не брали в армию, считая опасным дать им оружие, широко практиковали акты саботажа и террора. Словаки, которые как «союзное» государство имели воинские части, включённые в состав германской армии, применяли и другие способы сопротивления. Часть их, уклоняясь от призыва в армию, уходила в горы, создавая там партизанские отряды. Те, кто в составе германских войск оказались на советско-германском фронте, массами переходили на сторону Красной Армии, сдаваясь в плен при первом соприкосновении с её частями. Кульминационным пунктом борьбы словаков явилось вспыхнувшее 29 августа 1944 г. восстание всей словацкой армии, находившейся внутри страны. Центром восстания была Баньска Быстрица. Восставшие установили свой контроль над большей частью Словакии. Против них германским командованием были брошены крупные немецкие и венгерские соединения с большим количеством танков, самолётов и артиллерии. Словацкие войска, совершенно не имевшие тяжёлого вооружения, тем не менее свыше двух месяцев вели ожесточённые бои со значительно превосходящими их силами противника. Когда немцы после тяжёлых боёв заняли центр восстания Банську Быстрицу, словаки не сложили оружия и ушли в горы, где вели партизанскую войну вплоть до прихода Красной Армии.
Наибольший размах партизанское движение приняло в Закарпатской Украине, где оно имело непосредственную связь с партизанскими отрядами Советской Украины, получая от них помощь и поддержку. Это движение возглавлялось героем закарпатско-украинского народа Миколой Барканюком. Под его руководством партизанские отряды Гавриила Лагойды, Михайлы Серко, Миколы Сокача, Василия Жупана действовали на коммуникациях немцев и венгров, громили их обозы и транспорты, уничтожали военные склады.
Одновременно с борьбой народов Чехословакии против немецко-венгерских оккупантов внутри страны большая работа проводилась и за границей.